現在使用しているセットアップを続行することは確かに可能です。 （Unityは使用しませんが、別のドックを使用します。）
ただし、別のドックと一緒にUnityインターフェースの残りを使用できるかどうかはまだわかりません。現在のUnity（10.10）では不可能です。
Unity 10.10では、明らかに左ではなくDockyを使用でき、Unityドックは取り外し可能ではないため、両方を画面に表示できます。交換することはできませんが、元のドックと一緒に別のドックを使用できます。
Unity + Docky
ランチャーコンポーネントを置き換えることで可能です。
ユニティ2Dの場合：
Rootでnautilusを開き、/ usr/binに移動し、unity-2d-launcherの名前をunity-2d-launcher2に変更し、たとえばdockyをコピーしてunity-2d-launcherに変更します。
統一のため：不可能です...
Unity2dは可能ですが、推奨されません...