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IntelではなくGCCを使用してリポジトリからOpenMPIをインストールします

リポジトリからopenmpiをインストールし、GCCで使用する必要があります。問題は、インテルライブラリもインストールしたため、次のような問題が発生することです。

mpicc.openmpi --version
mpicc.openmpi: error while loading shared libraries: libimf.so: cannot open shared object file: No such file or directory

GCCのバージョンは次のとおりです。

gcc (Ubuntu 5.4.0-6ubuntu1~16.04.2) 5.4.0 20160609

私は次のコマンドでopenmpiをインストールしようとしています：

Sudo aptitude install  openmpi-bin libopenmpi-dev

それでは、Intelライブラリを無視してGCCのみを使用する方法で、リポジトリからOpenMPIをインストールする方法を教えてください。

編集

which mpicc.openmpi
/usr/bin/mpicc.openmpi

ldd $(which mpicc.openmpi)
linux-vdso.so.1 =>  (0x00007fffd6fc0000)
libopen-pal.so.13 => /usr/local/lib/libopen-pal.so.13 (0x00007f9b0c8d0000)
libpthread.so.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0 (0x00007f9b0c6b3000)
libc.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6 (0x00007f9b0c2e9000)
libm.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libm.so.6 (0x00007f9b0bfe0000)
libdl.so.2 => /lib/x86_64-linux-gnu/libdl.so.2 (0x00007f9b0bddc000)
librt.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/librt.so.1 (0x00007f9b0bbd3000)
libutil.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libutil.so.1 (0x00007f9b0b9d0000)
libimf.so => not found
libsvml.so => not found
libirng.so => not found
libgcc_s.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libgcc_s.so.1 (0x00007f9b0b7b9000)
/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x000056030ed59000)
libintlc.so.5 => not found

Intelパッケージ Intel®Parallel Studio XE |Intel®Software を手動でインストールしました（つまり、。/ install_gui.sh）。

編集2

OpenMPIを再インストールしようとしました

Sudo apt-get install --reinstall openmpi-bin libopenmpi-dev

そして

Sudo apt-get purge openmpi-bin libopenmpi-dev
Sudo apt-get install openmpi-bin libopenmpi-dev

しかし、それらのどれも望ましい効果を持っていませんでした、ライブラリはまだインテルライブラリに対してリンクしています。

Intelライブラリは/opt/intelにあります。

編集3

ls -l /usr/bin/mpicc.openmpi /usr/bin/opal_wrapper; apt-cache policy openmpi-bin libopenmpi-dev

lrwxrwxrwx 1 root root    12 Feb 25  2016 /usr/bin/mpicc.openmpi -> opal_wrapper
-rwxr-xr-x 1 root root 18928 Feb 25  2016 /usr/bin/opal_wrapper


apt-cache policy openmpi-bin libopenmpi-dev
openmpi-bin:
  Installed: 1.10.2-8ubuntu1
  Candidate: 1.10.2-8ubuntu1
  Version table:
 *** 1.10.2-8ubuntu1 500
        500 http://at.archive.ubuntu.com/ubuntu xenial/universe AMD64 Packages
        100 /var/lib/dpkg/status
libopenmpi-dev:
  Installed: 1.10.2-8ubuntu1
  Candidate: 1.10.2-8ubuntu1
  Version table:
 *** 1.10.2-8ubuntu1 500
        500 http://at.archive.ubuntu.com/ubuntu xenial/universe AMD64 Packages
        100 /var/lib/dpkg/status
aptsoftware-installationgccmpi
4
Alexandros Markopoulos

  • どうやら、Intel mpicc.openmpiは、リポジトリまたはそのリンクされたライブラリの公式のものを上書きしました。

    出力は次のとおりです。

    ~$ dpkg -S /usr/bin/mpicc.openmpi
libopenmpi-dev: /usr/bin/mpicc.openmpi

~$ ldd /usr/bin/mpicc.openmpi
    linux-vdso.so.1 =>  (0x00007ffd785f4000)
    libopen-pal.so.13 => /usr/lib/libopen-pal.so.13 (0x00007ff1d848d000)
    libpthread.so.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0 (0x00007ff1d8270000)
    libc.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6 (0x00007ff1d7ea6000)
    libdl.so.2 => /lib/x86_64-linux-gnu/libdl.so.2 (0x00007ff1d7ca2000)
    librt.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/librt.so.1 (0x00007ff1d7a9a000)
    libutil.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libutil.so.1 (0x00007ff1d7896000)
    libhwloc.so.5 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libhwloc.so.5 (0x00007ff1d765c000)
    /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x000056499326f000)
    libnuma.so.1 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libnuma.so.1 (0x00007ff1d7450000)
    libltdl.so.7 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libltdl.so.7 (0x00007ff1d7246000)

    これらの欠落しているライブラリについては中継しません。

  • 修正するには、libopenmpiを再インストールします。

    Sudo apt-get install --reinstall openmpi-bin libopenmpi-dev

  • /usr/local/lib/libopen-pal.so.13にも注意してください。 /usr/local/lib/フォルダーにあるため、/usr/lib/にある公式のフォルダーよりも優先度が高くなっています。

    を使用してすべてのsud-versionsを確認します

    ls -l /usr/local/lib/libopen-pal.so.13*

    次に、名前を変更します、例

    Sudo mv /usr/local/lib/libopen-pal.so.13 /usr/local/lib/libopen-pal.so.13.backup
0
user.dz