フォルダのすべてのコンテンツが表示されない
私のatomプロジェクトを追加すると、すべてのコンテンツ（つまり、ファイルとフォルダー）が表示されません）。 F.x.下の画面のhttpフォルダはファイル/フォルダでいっぱいです。
その理由は何でしょうか？
私はMac + Atom 1.0.15（しかし、それは非常に昔から始まった）です。
最近同じ問題が発生しました。 Atomの新しいバージョンの1つで、変更したことのない設定が有効になり、一部のファイルが表示されなくなりました。
設定はHide VCS Ignored Filesで、これはPackages/Tree View設定：
この設定が無効になっている（つまり、オフになっている）ことを確認してください。チェックすると、Gitによって無視されたファイルは表示されません。最初のスクリーンショットで.gitignoreファイルに気づきました-それが原因である可能性があります。
この上の設定（Hide Ignored Names）も関連している可能性がありますが、それが何をするのか完全にはわかりません。
とにかく、Hide VCS Ignored Filesが何らかの理由で私のワークスペースの1つで有効になっていて、あなたが説明したのと同様の問題を引き起こしました。おそらく試してみる価値があります...