WPFは、CLRのfullバージョンであるデスクトップCLRに基づいています。
Silverlightは、はるかに小型でコンパクトなCLRに基づいており、優れたエクスペリエンスを提供しますが、CLR機能のすべてを備えているわけではありません。また、BCLのはるかに小さいバージョンもあります。
WPFは、.Net（3+）プラットフォーム上に構築されたデスクトップアプリケーションプラットフォームであるという点で、本質的にWinformsに代わるものです。
Silverlightは、Flash/Flexと同様に、ブラウザープラグインを介して配信されるWPFのサブセットを表します。
SilverlightはWPFのサブセットです。かつてはWPF/E（どこでもWPF）として知られていました。実際、基本フレームワークは似ていますが、同じではありません。
詳細については、こちらを参照してください： Silverlight "WPF/E"の最初のステップ：簡単なアナログ時計の使用を開始する、はじめに-WPF/Eとは何ですか？
Silverlightは、次世代Webクライアントアプリケーション（WPF）を構築するためのMicrosoftの最新の開発プラットフォームです。次世代Windowsクライアントアプリケーションを構築するためのMicrosoftの最新の開発プラットフォームです。
Silverlightは一般にWPFのサブセットと見なされ、XAMLですWPFは一般に.NETFrameworkのサブセットと見なされます
Silverlightは、Windowsクライアントユーザー向けのクロスOS、クロスブラウザー、クロスデバイスWPFをサポートします。
クライアントマシンでSilverlightアプリケーションを実行するには、WPFがプラグインメカニズムをサポートしていない場合は、クライアントマシンにSilverlightソフトウェアをインストールする必要があります。代わりに、完成したWPFクライアントアプリケーションをインストールする必要があります。
Silverlightアプリケーションは、WebサーバーとWebページ内でホストされます。 WPFアプリケーションは、スタンドアロンアプリケーションとして展開できます。
Silverlight（コード名WPF/E）は、Windowsを含む複数のオペレーティングシステムにビデオ、ベクターグラフィックス、アニメーションなどの機能を提供するWPFベースのテクノロジ（XAMLを含む）[17]を含む、クロスプラットフォーム、クロスブラウザ、ブラウザプラグインです。 Vista、Windows XP、およびMac OS X、MicrosoftはLinuxディストリビューション用のポートを使用するサードパーティの開発者を認可しました。[18]具体的には、現在、Mozilla Firefox、Internet Explorer 6以降、およびAppleSafari。SilverlightとWPFはXAMLプレゼンテーションレイヤーのみを共有するためのアドオンとして提供されています。
SilverlightはWPFのサブセットであるため、機能は少なくなりますが、移植性は高くなります。 WPFは、ブラウザーまたはWindowsのWinFormsスタイルのアプリケーションの両方で実行できますが、Silverlightはブラウザーでのみ実行できます。 WPFはWindowsシステムで実行することを目的としていますが、SilverlightはWindowsまたはMacで実行され、LinuxでもMoonlightを使用します。
それぞれをいつ使用するかについて混乱している場合は、これをよりよく説明する便利なブログを見つけました： http://blogs.msdn.com/b/jennifer/archive/2008/05/06/when-should-i-use -wpf-vs-silverlight.aspx
wpfはウィンドウアプリケーションで、SilverlightはWebアプリケーションです。
詳細な比較はここにあります： http://wpfslguidance.codeplex.com/