あなたは本当にデザインの答えが欲しいと思いますが、UXの答えは...
ユーザーは、会社が合併したことを気にしません。ブランドを1つ選び、混乱しないようにそれに固執します。
私が現在働いている会社は多くの買収を行いましたが、最初に買収する価値のある会社を作るすべてのブランディングを変更しようとするのではなく、これが現在リンクできる「SolarWinds会社」であることをユーザーにフッターで単に知らせました会社のメインページに戻ります。
あなたが自分の人生を楽にする限り、人々は本当に誰が何を運営しているのか気にしないので、会社が「手を変えた」ことをユーザーに知らせるために邪魔をしないでください。
合併の場合、私はいくつかのテストを行って、（もちろん肯定的な方法で）どの名前がより認識されやすいかを確認し、そのブランドをあらゆる場所で使用します。
これには（少なくとも）2つの側面があります。
視覚的には、ページのレイアウト、2つのロゴ、それらの相互の連携状況などに依存します。上記のコメントは、Gd.SEでより適切に議論されているという点で正しいです。
UXに関しては、ロゴを互いに遠くに配置することは実際にはより混乱するだろうと私は信じています。両方のロゴを同じコーナーに配置すると、それらの間の関係を操作することによって、ある種の物語を伝えることができます。 1つが小さい場合、1つが大きい場合は、メッセージを送信します。これは、何らかの理由でメッセージが送信されます。これがプライマリオーナーであり、セカンダリオーナーです。それは主要な所有者の特定の支店、または子会社またはそのようなものです。ただし、1つのロゴを右上に、もう1つのロゴを左上に表示すると、2つのロゴの視覚的な関係を確立することが非常に難しくなります。
私は同様のケースのプロジェクトで働いていましたが、@ DaveAlgerが言ったようにそれを解決しました：元の会社のロゴをヘッダー（左、中央、または右-あなたまで）に追加し、フッターに持ち株会社のロゴ（新しい合併会社）。