システム全体のデーモンについて話している場合、/etcのファイルが適切です。ユーザーごとの設定が必要なアプリケーションについて話している場合は、ホームディレクトリが適切です。新しいアプリの場合、XDG Base Directory仕様に従うことをお勧めします。
http://standards.freedesktop.org/basedir-spec/basedir-spec-latest.html
これは基本的に、設定ファイルを$XDG_CONFIG_HOMEに保存する必要があることを示しています。デフォルトは~/.configです