EclipseでMavenプロジェクトを使用する場合、プロジェクトのインポート時に.factorypathを自動的に生成します
.factorypath fileは生成されたファイルで、Eclipseが注釈処理に必要です。 m2Eclipseプラグインは、「Mavenプロジェクトの更新」（Alt + F5）を使用し、「pom.xmlからのプロジェクト構成の更新」をチェックすると、このファイルを生成します。
ただし、このファイルをバージョン管理にチェックインしたくありません。しかし、そうでない場合、チームの誰かが新しいチェックアウトを行い、プロジェクトをEclipseにインポートします。.factorypathは、「Mavenプロジェクトの更新」が手動で実行されるまで生成されません。プロジェクトがインポートされたときに、この手動の手順は必要ありません。これは自動的に行われる必要があります。インポート時にプロジェクトを更新する必要があるというオプションはありますか？
あなたの本当の問題が
このファイルをバージョン管理にチェックインしたくありません。
使用しているバージョン管理を指定していませんが、GITまたはSVNユーザーの場合は、GIT無視ファイルまたはSVN無視プロパティにファイル/ディレクトリパターンを追加する必要があります。
GIT Ignore または SVN Ignore の詳細をご覧ください。