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LD_LIBRARY_PATHを正しく設定します

Ubuntu 16.04のイメージでDockerを使用しています。私はこのドッカーを使用して実行しています：

  • Boost.pythonを使用してpythonにC++クラスをインポートします
  • Matlabランタイム（MCR）のヘルプを使用して、pythonにmatlabのpythonパッケージをインポートします。

MCRをdockerにインストールする前に、次を使用してboostをインストールしました。

$ Sudo apt-get install -y libboost-all-dev

そして、C++クラスをラップしてPythonで呼び出すことができました。次に、MCRをインストールしました。要件の1つは、LD_LIBRARY_PATHをMatlabのライブラリに設定することです。

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/runtime/glnxa64:/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/bin/glnxa64:/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/sys/os/glnxa64:/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/extern/bin/glnxa64

動作しました。pythonでmatlabのpythonパッケージを実行できましたが、LD_LIBRARY_PATHの変更によりC++クラスラッパーのテストに失敗しました。たとえば、PythonでC++クラスをインポートしようとすると、次のエラーが表示されます。

 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libpython3.4m.so.1.0: undefined symbol: XML_SetHashSalt

LD_LIBRARY_PATHの設定を解除すると、C++インポートは機能しますが、MCRは失敗します。それでは、C++クラスとMatlabのpythonパッケージの両方を正常に実行するためにLD_LIBRARY_PATHはどうあるべきかという質問はありますか？

ライブラリをLD_LIBRARY_PATHにブーストするパスを追加しようとしましたが、機能しませんでした。したがって、env値は次のようになります。

/usr/lib/x86_64-linux-gnu:/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/runtime/glnxa64:/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/bin/glnxa64:/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/sys/os/glnxa64:/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/extern/bin/glnxa64

編集

LD_LIBRARY_PATHを設定する前のC++ライブラリファイルの依存関係：

linux-vdso.so.1 (0x00007ffcee0dc000)
    libpython3.4m.so.1.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libpython3.4m.so.1.0 (0x00007f9d69e59000)
    libboost_python-py34.so.1.55.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libboost_python-py34.so.1.55.0 (0x00007f9d69c09000)
    libstdc++.so.6 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6 (0x00007f9d698fe000)
    libm.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libm.so.6 (0x00007f9d695fd000)
    libgcc_s.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libgcc_s.so.1 (0x00007f9d693e7000)
    libc.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6 (0x00007f9d6903c000)
    librt.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/librt.so.1 (0x00007f9d68e34000)
    libexpat.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libexpat.so.1 (0x00007f9d68c0b000)
    libz.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libz.so.1 (0x00007f9d689f0000)
    libpthread.so.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0 (0x00007f9d687d3000)
    libdl.so.2 => /lib/x86_64-linux-gnu/libdl.so.2 (0x00007f9d685cf000)
    libutil.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libutil.so.1 (0x00007f9d683cc000)
    /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00007f9d6a6c3000)

the LD_LIBRARY_PATHを設定した後：

linux-vdso.so.1 (0x00007ffc42e9b000)
    libpython3.4m.so.1.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libpython3.4m.so.1.0 (0x00007fad9635b000)
    libboost_python-py34.so.1.55.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libboost_python-py34.so.1.55.0 (0x00007fad9610b000)
    libstdc++.so.6 => /usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/sys/os/glnxa64/libstdc++.so.6 (0x00007fad95d8a000)
    libm.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libm.so.6 (0x00007fad95a89000)
    libgcc_s.so.1 => /usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/sys/os/glnxa64/libgcc_s.so.1 (0x00007fad95873000)
    libc.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6 (0x00007fad954c8000)
    librt.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/librt.so.1 (0x00007fad952c0000)
    libexpat.so.1 => /usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/bin/glnxa64/libexpat.so.1 (0x00007fad95095000)
    libz.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libz.so.1 (0x00007fad94e7a000)
    libpthread.so.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0 (0x00007fad94c5d000)
    libdl.so.2 => /lib/x86_64-linux-gnu/libdl.so.2 (0x00007fad94a59000)
    libutil.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libutil.so.1 (0x00007fad94856000)
    /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00007fad96bc5000)
environment-variablesmatlabpathsboost
5
Coderji

私のために働いた唯一の方法は、LD_PRELOADを定義して、システムライブラリを指すことです。したがって、現在の環境は次のようになります。

LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/runtime/glnxa64:/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/bin/glnxa64:/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/sys/os/glnxa64:/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/extern/bin/glnxa64:/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/sys/opengl/lib/glnxa64
LD_PRELOAD=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libexpat.so

したがって、Dockerでは、前述のenv変数を含む.matlabファイルを作成しました。次に、dockerfileに次を追加しました：

services:
  Django: &Django
    build:
      context: .
      dockerfile: ./compose/local/Django/Dockerfile
    depends_on:
      - postgres
    volumes:
      - .:/app
      - shared_upload_tmp:/app_temp
      - media:/app/computation_server/media
    env_file:
      - ./.envs/.local/.Django
      - ./.envs/.local/.postgres
      - ./.envs/.production/.matlab
    ports:
      - "8800:8000"
    command: /start
0
Coderji

この Stack Exchangeに関するQ＆A には、LD_LIBRARY_PATHを設定するさまざまな方法がありますが、トップの回答は、これが最良の方法であることを示唆しています。

Sudo -H gedit /etc/ld.so.conf.d/randomLibs.conf

ファイル内では、たとえば、システムに追加するすべてのライブラリを含むディレクトリへの完全なパスを書き込むことになっています。

/home/linux/myLocalLibs

ファイルのフルパスではなく、パスのみをディレクトリに追加することを忘れないでください。そのパス内のすべてのライブラリは自動的にインデックス付けされます。

Sudo ldconfigを保存して実行し、このライブラリでシステムを更新します。

2
WinEunuuchs2Unix

LD_LIBRARY_PATHをエクスポートする必要がありますか？ matlabの呼び出しにそれを前置きすることはできません。

LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/runtime/glnxa64:/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/bin/glnxa64:/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/sys/os/glnxa64:/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/extern/bin/glnxa64 /usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/...

（実行可能ファイルがどのように呼ばれているのか正確にはわかりません）

あなたはそれを小さなスクリットに入れることができます

第二に、実行可能ファイルまたはライブラリのrpathを変更できるため、正しい場所を直接確認できます。これにはpatchelfを使用します

patchelf --set-rpath

複数のパスが関係しているため、少し注意が必要ですが、

1
mbeyss