関数でページが使うテンプレートを調整しますか？
/stories/のようなパーマリンクがあるページがあれば、page-stores.phpという名前のテンプレートでページを作成でき、そのページがロードされたときにデフォルトのpage.phpの代わりにロードされるはずです（ テンプレート階層を参照） ）
私が知りたいのは、2つのページテンプレート、おそらくpage.phpとpage2.phpがある場合、functions.phpファイルを使用して、ページに/stories/のパーマリンクがある場合にpage2.phpを使用することを指定できるかどうかです。
エンドユーザーにページテンプレートを選択させるためにページを編集するときにオプションがあることはわかっていますが、この場合は具体的に設定したいと思います。
これはうまくいくかもしれません：
add_filter('page_template', 'custom_page_template');
function custom_page_template($template){
// check your permalink here
if(get_query_var('pagename') === 'stories')
return locate_template(array('page2.php', 'page.php'));
return $template;
}