git add --allは削除されたファイルも追加します（作業ツリーに存在しなくなったファイルをインデックスから削除します）、一方git add . ではない。
新しいファイルおよび現在の作業ツリーですでに追跡されているファイルの場合：
git add .
現在の作業ツリーですでに追跡されているファイルのみ：
git add -u
新しいファイルの場合、現在の作業ツリーですでに追跡されているファイル、および作業ツリーに存在しなくなったファイルをインデックスから削除します。
git add -A
または
git add --all