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Ubuntu 13.04のR 3.0にrJavaをインストールできません

R 3.0のrJavaパッケージを呼び出すことができません。私は次のメッセージを受け取りました

Error: package ‘rJava’ was built before R 3.0.0: please re-install it

rJavaパッケージを再インストールしようとするとエラーが発生します。 R CMD javareconfの出力を提供しました

Java interpreter : /usr/bin/Java
Java version     : 1.7.0_21
Java home path   : /usr/lib/jvm/Java-7-openjdk-i386/jre
Java compiler    : /usr/lib/jvm/Java-7-openjdk-i386/jre/../bin/javac
Java headers gen.: /usr/lib/jvm/Java-7-openjdk-i386/jre/../bin/javah
Java archive tool: /usr/lib/jvm/Java-7-openjdk-i386/jre/../bin/jar

trying to compile and link a JNI progam 
detected JNI cpp flags    : 
detected JNI linker flags : 
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG      -fpic  -O2 -pipe -g  -c conftest.c -o conftest.o
conftest.c:1:17: fatal error: jni.h: No such file or directory
compilation terminated.
make: *** [conftest.o] Error 1
Unable to compile a JNI program


Java library path: 
JNI cpp flags    : 
JNI linker flags : 
Updating Java configuration in /usr/lib/R
Done.

Ubuntu 13.04を使用しています。また、apt-get install r-cran-rjavaを試しましたが、これは問題の解決に役立ちません。 jni.hに関しては、いくつかの解決策がありました こちら しかし、ここでどのように解決策を使用できるかはわかりません。

javarubuntujava-native-interfacerjava
53
vinux

私はまったく同じ問題に遭遇しました。私の解決策は、openjdk-7- *をインストールすることでした

_Sudo apt-get install openjdk-7-*
_

それに続いて

_Sudo R CMD javareconf
_

そして、install.packages("rJava")を介してRにrJavaをインストールすることができました。

おそらく最もエレガントなソリューションではありませんが、rJavaを動作させることに関する私の問題を解決したようです。

74
Peter

エラーが発生する場合：

error: unable to load shared object '/some/dir/rJava/libs/rJava.so': libjvm.so: 
cannot open shared object file: No such file or directory

システム内のライブラリを見つけて/usr/libにリンクするエラーを解決しました：

$Sudo updatedb
$locate libjvm.so
/usr/lib/debug/usr/lib/jvm/Java-7-openjdk-AMD64/jre/lib/AMD64/server/libjvm.so
/usr/lib/debug/usr/lib/jvm/Java-7-openjdk-AMD64/jre/lib/AMD64/zero/libjvm.so
/usr/lib/jvm/Java-7-openjdk-AMD64/jre/lib/AMD64/jamvm/libjvm.so
/usr/lib/jvm/Java-7-openjdk-AMD64/jre/lib/AMD64/server/libjvm.so
/usr/lib/jvm/Java-7-openjdk-AMD64/jre/lib/AMD64/zero/libjvm.so
$Sudo ln -s /usr/lib/jvm/Java-7-openjdk-AMD64/jre/lib/AMD64/server/libjvm.so /usr/lib/
27
kahlo

このaskUbuntuの答え で提案されているように、配布パッケージからrJavaをインストールすることもできます：

Sudo apt-get install r-cran-rjava

注：Debianシステムから試してみました。

2
atfornes