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AWSAthenaは構造体の配列をJSONにエクスポートします

一部のフィールドがかなり複雑なネストされた形式のAthenaテーブルがあります。 S3のバッキングレコードはJSONです。これらの線に沿って（ただし、ネストにはさらにいくつかのレベルがあります）：

CREATE EXTERNAL TABLE IF NOT EXISTS test (
  timestamp double,
  stats array<struct<time:double, mean:double, var:double>>,
  dets array<struct<coords: array<double>, header:struct<frame:int, 
    seq:int, name:string>>>,
  pos struct<x:double, y:double, theta:double>
)
ROW FORMAT SERDE 'org.openx.data.jsonserde.JsonSerDe'
WITH SERDEPROPERTIES ('ignore.malformed.json'='true')
LOCATION 's3://test-bucket/test-folder/'

次に、データをクエリして結果をPythonにインポートして分析できるようにする必要があります。セキュリティ上の制限のため、Athenaに直接接続することはできません。誰かにクエリを実行すると、CSVの結果が表示されます。

ストレートセレクト*を実行すると、構造体/配列の列がJSONではない形式で返されます。入力ファイルのエントリの例を次に示します。

{"timestamp":1520640777.666096,"stats":[{"time":15,"mean":45.23,"var":0.31},{"time":19,"mean":17.315,"var":2.612}],"dets":[{"coords":[2.4,1.7,0.3], "header":{"frame":1,"seq":1,"name":"hello"}}],"pos": {"x":5,"y":1.4,"theta":0.04}}

そして出力例：

select * from test

"timestamp","stats","dets","pos"
"1.520640777666096E9","[{time=15.0, mean=45.23, var=0.31}, {time=19.0, mean=17.315, var=2.612}]","[{coords=[2.4, 1.7, 0.3], header={frame=1, seq=1, name=hello}}]","{x=5.0, y=1.4, theta=0.04}"

これらのネストされたフィールドをより便利な形式でエクスポートすることを望んでいました。JSONで取得するのは素晴らしいことです。

残念ながら、JSONへのキャストは、すべてを配列にフラット化するだけなので、構造体ではなくマップに対してのみ機能するようです。

SELECT timestamp, cast(stats as JSON) as stats, cast(dets as JSON) as dets, cast(pos as JSON) as pos FROM "sampledb"."test"

"timestamp","stats","dets","pos"
"1.520640777666096E9","[[15.0,45.23,0.31],[19.0,17.315,2.612]]","[[[2.4,1.7,0.3],[1,1,""hello""]]]","[5.0,1.4,0.04]"

JSON（または別のインポートしやすい形式）に変換する良い方法はありますか、それとも先に進んでカスタム解析機能を実行する必要がありますか？

jsonprestoamazon-athena
13
Chelsar

私はすべてのドキュメントをざっと読みましたが、残念ながら今のところこれを行う方法はないようです。考えられる唯一の回避策は

athenaにクエリを実行するときに構造体をjsonに変換する

SELECT
  my_field,
  my_field.a,
  my_field.b,
  my_field.c.d,
  my_field.c.e
FROM 
  my_table

または、後処理を使用してデータをjsonに変換します。以下のスクリプトはその方​​法を示しています

#!/usr/bin/env python
import io
import re

pattern1 = re.compile(r'(?<={)([a-z]+)=', re.I)
pattern2 = re.compile(r':([a-z][^,{}. [\]]+)', re.I)
pattern3 = re.compile(r'\\"', re.I)

with io.open("test.csv") as f:
    headers = list(map(lambda f: f.strip(), f.readline().split(",")))
    for line in f.readlines():
        orig_line = line
        data = []
        for i, l in enumerate(line.split('","')):
            data.append(headers[i] + ":" + re.sub('^"|"$', "", l))

        line = "{" + ','.join(data) + "}"
        line = pattern1.sub(r'"\1":', line)
        line = pattern2.sub(r':"\1"', line)
        print(line)

入力データの出力は次のとおりです。

{"timestamp":1.520640777666096E9,"stats":[{"time":15.0, "mean":45.23, "var":0.31}, {"time":19.0, "mean":17.315, "var":2.612}],"dets":[{"coords":[2.4, 1.7, 0.3], "header":{"frame":1, "seq":1, "name":"hello"}}],"pos":{"x":5.0, "y":1.4, "theta":0.04}
}

有効なJSONはどれですか

Converted JSON

4
Tarun Lalwani

@tarunのpythonコードはほとんどそこに到達しましたが、データのためにいくつかの方法で変更する必要がありました。特に、次のようなものがあります。

  • 文字列としてAthenaに保存されたjson構造
  • 複数の単語を含む文字列。したがって、二重引用符で囲む必要があります。それらのいくつかには、「[]」および「{}」記号が含まれています。

これが私のために働いたコードです、うまくいけば他の人にも役立つでしょう：

#!/usr/bin/env python
import io
import re, sys

pattern1 = re.compile(r'(?<={)([a-z]+)=', re.I)
pattern2 = re.compile(r':([a-z][^,{}. [\]]+)', re.I)
pattern3 = re.compile(r'\\"', re.I)

with io.open(sys.argv[1]) as f:
    headers = list(map(lambda f: f.strip(), f.readline().split(",")))
    print(headers)
    for line in f.readlines():

        orig_line = line
        #save the double quote cases, which mean there is a string with quotes inside
        line = re.sub('""', "#", orig_line)
        data = []
        for i, l in enumerate(line.split('","')):
            item = re.sub('^"|"$', "", l.rstrip())
            if (item[0] == "{" and item[-1] == "}") or (item[0] == "[" and item[-1] == "]"):
                data.append(headers[i] + ":" + item)
            else: #we have a string
                data.append(headers[i] + ": \"" + item + "\"")

        line = "{" + ','.join(data) + "}"
        line = pattern1.sub(r'"\1":', line)
        line = pattern2.sub(r':"\1"', line)

        #restate the double quotes to single ones, once inside the json
        line = re.sub("#", '"', line)

        print(line)
1
XAnguera