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「x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc」を実行できません：そのようなファイルまたはディレクトリはありません（pysamインストール）

Pysamをインストールしようとしています。

実行後：

python path/to/pysam-master/setup.py build

このエラーは生成されます：

unable to execute 'x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc': No such file or directory
error: command 'x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc' failed with exit status 1

同様のスレッドがありますが、それらはすべて、私が持っていない問題管理者権限の問題に対処しているようです。必要なファイルをインストールする方法はありますか？

免責事項：この質問は私の以前の投稿から派生したものです。 pysamエラーを手動でインストールする： "ImportError：バージョンという名前のモジュールはありません" しかし、別のアプローチが必要になる可能性があるため、独自の質問にしました。

linuxpython-2.7gccanacondapysam
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Sergio.pv

Anacondaには、Cコンパイラパスを存在しない実行可能ファイルに設定する新しいリリース（4.3.27）があったようです（恥ずかしいバグをやめます。すぐに修正するでしょう）。最新のMinicondaを使用してpipをインストールする場合も同様の問題がありました。4.3.21バージョンを使用し、conda update conda。

https://repo.continuum.io/miniconda/ をご覧ください。リリース日とバージョンがあります。

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Jon Riehl

Rがcondaを使用してインストールされた場合（いくつかのRパッケージをインストールしているときに、同じエラーを受け取ることもあります）。

次に、実行してパッケージをインストールします：conda install gxx_linux-64そのコマンドを使用可能にします。

ソース： https://github.com/RcppCore/Rcpp/issues/770#issuecomment-346716808

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MF.OX

Condaを更新しても安全なはずです。これは、次のpython linux-64のパッケージで修正されています。

  • python-3.6.2-h0b30769_14.tar.bz2
  • python-2.7.14-h931c8b0_15.tar.bz2
  • python-2.7.13-hac47a24_15.tar.bz2
  • python-3.5.4-hc053d89_14.tar.bz2

問題はJon Riehlが説明したとおりでした-私たち（Anaconda、以前のContinuum）は、crosstool-ngを使用して作成した新しいGCCパッケージですべてのパッケージをビルドします。このパッケージにはgccはなく、gccというプレフィックスが付いています-表示されていないコマンド、x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc。これはpythonに焼き付けられ、そのpythonでビルドされた拡張機能はそのコンパイラを探します。pythonに追加された_PYTHON_SYSCONFIGDATA_NAME変数を使用して問題を修正しました。 = 3.6。これをpython 2.7および3.5にバックポートしました。デフォルトコンパイラ（gcc）を使用してpythonのみが表示されるので、設定する必要があります。 _PYTHON_SYSCONFIGDATA_NAMEを適切なファイル名に設定して、新しいコンパイラーを使用します。この変数を設定することは、コンパイラーパッケージのアクティブ化スクリプトに追加するものなので、心配する必要はありません。ただし、新しいコンパイラパッケージを入手するには2つです。新しいコンパイラを使用したい場合は、conda-build課題トラッカーに課題を投稿してください。

関連するコードの変更は次のとおりです。

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msarahan