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ファイルを分割して直接圧縮する方法は？

100 GBのファイルを1つずつ100行に分割したい（改行で）

例えば.

split --bytes=1024M /path/to/input /path/to/output

生成された100個のファイルについて、これらの各ファイルにgzip/Zipを適用します。

単一のコマンドを使用することは可能ですか？

linuxbashcommand-line-interfacegzip
13
Ryan

「--filter」を使用します。

split --bytes=1024M --filter='gzip > $FILE.gz' /path/to/input /path/to/output

31
Peter

このコマンドを-dオプションとともに使用すると、数値の接尾辞を生成できます。

split -d -b 2048m "myDump.dmp" "myDump.dmp.part-" && gzip myDump.dmp.part*

生成されるファイル：

    myDump.dmp.part-00
    myDump.dmp.part-01
    myDump.dmp.part-02
    ...
0
Iván

条件付きを使用するワンライナーは、あなたが来ることができる限り近くなります。

cd /path/to/output && split --bytes=1024M /path/to/input/filename && gzip x*

gzipは、条件付きでsplitが成功した場合にのみ実行されます&&もcdとsplitの間にあり、cdも成功していることを確認しています。splitとgzipに注意してください出力ディレクトリを指定する機能の代わりに、現在のディレクトリに出力します。必要に応じて、ディレクトリを作成できます。

mkdir -p /path/to/output && cd /path/to/output && split --bytes=1024M /path/to/input/filename && gzip x*

すべてを元に戻すには：

gunzip /path/to/files/x* && cat /path/to/files/x* > /path/to/dest/filename
0
Paused until further notice.

Pigzでオンザフライで圧縮するbash関数

function splitreads(){

# add this function to your .bashrc or alike
# split large compressed read files into chunks of fixed size
# suffix is a three digit counter starting with 000
# take compressed input and compress output with pigz
# keeps the read-in-pair suffix in outputs
# requires pigz installed or modification to use gzip

usage="# splitreads <reads.fastq.gz> <reads per chunk; default 10000000>\n";
    if [ $# -lt 1 ]; then
        echo;
        echo ${usage};
        return;
    fi;

# threads for pigz (adapt to your needs)
thr=8

input=$1

# extract prefix and read number in pair
# this code is adapted to paired reads
base=$(basename ${input%.f*.gz})
pref=$(basename ${input%_?.f*.gz})
readn="${base#"${base%%_*}"}"

# 10M reads (4 lines each)
binsize=$((${2:-10000000}*4))

# split in bins of ${binsize}
echo "# splitting ${input} in chuncks of $((${binsize}/4)) reads"

cmd="zcat ${input} \
  | split \
    -a 3 \
    -d \
    -l ${binsize} \
    --numeric-suffixes \
    --additional-suffix ${readn} \
    --filter='pigz -p ${thr} > \$FILE.fq.gz' \
    - ${pref}_"

echo "# ${cmd}"
eval ${cmd}
}
0
splaisan