これを行う1つの方法は、 xdotool を使用することです。たとえば、コマンドラインから：
xdotool search --name "Old name" set_window --name "New name"
これにより、「古い名前」という名前を含む開いているウィンドウが検索され、その名前が「新しい名前」に変更されます。また、ウィンドウクラス、PID、その他さまざまなもので検索します。 xdotoolのmanページを参照してください。
プログラムによっては、プログラムの起動時に自動的に同じ設定をする方法は他にもあると思います。Qtを使用するのか、GTKを使用するのか、それとも何を使用するのか。
問題のウィンドウがxtermの場合、マジックエスケープシーケンスを使用できます。
echo "^[]0;New name^G"
どこ ^[はエスケープ文字で、^Gはcontrol-Gです。
ウィンドウがGnomeターミナルの場合は、メニュー項目「ターミナル|タイトルの設定」を使用できます。
それを書く別の方法は
echo "\033]0;New name\007"