MP3を48000 Hzから44100 Hzに変換しますか？
サンプリング周波数が48000 HzのMP3をいくつか持っています。それらをCDに書き込みたいので、サンプリング周波数を441000に下げる必要があります。
Ffmpegを使用してそれを行う方法？
ffmpegは適切なツールではないようです。通常、オーディオのみのファイルにはsoxを使用します。
$ sox file1.mpg -r 44100 file1-enc.mpg
とにかくffmpegを使用してみたい場合、正しいコマンドは次のようになると思います
$ ffmpeg -i file1.mpg -ar 44100 file1-enc.mpg