私はこれがあなたが探しているものだと思います： http://wordpress.org/extend/plugins/yd-wpmu-sitewide-options/
これが本当にあなたの質問に答えるかどうかはわかりませんが、CheezCAPを見たことがありますか。
それはテーマがその場でオプションと設定パネルを登録することを可能にするフレームワークです、それであなたはマルチサイトインストールであなたがより容易に全面的にテーマにオプションを追加してサイトごとに設定を管理することができます。
あなたが探していることを完全にはしていません。