MySQLが約70kのオープンファイルでクラッシュする
コミュニティ8.0.14を実行しているサーバーでは、数日前に開いているファイルの数に達したため、制限を増やしましたが、しばらくするとサーバーがエラーログに次のようにクラッシュしました。
InnoDB: We intentionally generate a memory trap.
InnoDB: Submit a detailed bug report to http://bugs.mysql.com.
InnoDB: If you get repeated assertion failures or crashes, even
InnoDB: immediately after the mysqld startup, there may be
InnoDB: corruption in the InnoDB tablespace. Please refer to
InnoDB: http://dev.mysql.com/doc/refman/8.0/en/forcing-innodb-recovery.html
InnoDB: about forcing recovery.
03:07:21 UTC - mysqld got signal 6 ;
This could be because you hit a bug. It is also possible that this binary
or one of the libraries it was linked against is corrupt, improperly built,
or misconfigured. This error can also be caused by malfunctioning hardware.
Attempting to collect some information that could help diagnose the problem.
As this is a crash and something is definitely wrong, the information
collection process might fail.
key_buffer_size=8388608
read_buffer_size=131072
max_used_connections=221
max_threads=1000
thread_count=4
connection_count=3
It is possible that mysqld could use up to
key_buffer_size + (read_buffer_size + sort_buffer_size)*max_threads = 403301 K bytes of memory
Hope that's ok; if not, decrease some variables in the equation.
Thread pointer: 0x7f9200000b20
Attempting backtrace. You can use the following information to find out
where mysqld died. If you see no messages after this, something went
terribly wrong...
stack_bottom = 7fd571ceaca0 thread_stack 0x46000
/usr/sbin/mysqld(my_print_stacktrace(unsigned char*, unsigned long)+0x3d) [0x561bdb69757d]
/usr/sbin/mysqld(handle_fatal_signal+0x423) [0x561bda8277c3]
/lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0(+0x12890) [0x7fe5095f6890]
/lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(gsignal+0xc7) [0x7fe507981e97]
/lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(abort+0x141) [0x7fe507983801]
/usr/sbin/mysqld(ut_dbg_assertion_failed(char const*, char const*, unsigned long)+0x2d5) [0x561bdb94d2c5]
/usr/sbin/mysqld(+0x1fe243c) [0x561bdb94f43c]
/usr/sbin/mysqld(mem_heap_create_block_func(mem_block_info_t*, unsigned long, unsigned long)+0x9ba) [0x561bdb95638a]
/usr/sbin/mysqld(mem_heap_add_block(mem_block_info_t*, unsigned long)+0x72) [0x561bdb956562]
/usr/sbin/mysqld(trx_undo_update_rec_get_update(unsigned char const*, dict_index_t*, unsigned long, unsigned long, unsigned long, unsigned long, trx_t*, mem_block_info_t*, upd_t**, lob::undo_vers_t*, type_cmpl_t&)+0x1926) [0x561bdb924896]
/usr/sbin/mysqld(row_purge_step(que_thr_t*)+0x845) [0x561bdb8b7ad5]
/usr/sbin/mysqld(que_run_threads(que_thr_t*)+0x997) [0x561bdb859597]
/usr/sbin/mysqld(srv_worker_thread()+0x29d) [0x561bdb8e85bd]
/usr/sbin/mysqld(std::thread::_State_impl<std::thread::_Invoker<std::Tuple<Runnable, void (*)()> > >::_M_run()+0x63) [0x561bdb759883]
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6(+0xbd57f) [0x7fe5083a757f]
/lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0(+0x76db) [0x7fe5095eb6db]
/lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(clone+0x3f) [0x7fe507a6488f]
Trying to get some variables.
Some pointers may be invalid and cause the dump to abort.
Query (0): Connection ID (thread ID): 0
Status: NOT_KILLED
The manual page at http://dev.mysql.com/doc/mysql/en/crashing.html contains
information that should help you find out what is causing the crash.
2019-01-27T03:07:37.554520Z 0 [System] [MY-010116] [Server] /usr/sbin/mysqld (mysqld 8.0.14) starting as process 56489
InnoDB: Progress in percents: 1InnoDB MEMCACHED: Memcached uses atomic increment
2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 1002019-01-27T03:12:07.973920Z 0 [System] [MY-010229] [Server] Starting crash recovery...
2019-01-27T03:12:07.982255Z 0 [System] [MY-010232] [Server] Crash recovery finished.
2019-01-27T03:12:10.581437Z 0 [Warning] [MY-010068] [Server] CA certificate ca.pem is self signed.
2
マシンは2x Xeon E5-2680v4-28c/56t-2.4GHz /3.3GHz、512GB RAM、構成ファイル：
server-id = 1
log-bin = /var/lib/mysql-binlogs/web07
relay-log = web07-relay-bin
binlog_expire_logs_seconds = 259200
open_files_limit = 10000
max_connections = 1000
innodb_flush_method=O_DIRECT
innodb_flush_log_at_trx_commit=0
innodb_log_file_size=38G
innodb_buffer_pool_size=300G
innodb_buffer_pool_instances=64
join_buffer_size=5M
tmp_table_size=1G
max_heap_table_size=512M
skip_name_resolve=1
table_open_cache=20000
sql-mode="ONLY_FULL_GROUP_BY,STRICT_TRANS_TABLES,NO_ZERO_IN_DATE,NO_ZERO_DATE,ERROR_FOR_DIVISION_BY_ZERO,NO_ENGINE_SUBSTITUTION,NO_AUTO_VALUE_ON_ZERO"
relay-log-recovery=1
default-authentication-plugin=mysql_native_password
そのクラッシュ後、開いているファイルが多すぎる（約24時間ごと）になったときにサーバーを再起動しないと、サーバーは再びクラッシュします。これはたとえば次のようになります。
$ mysql -e "show global status like 'open_%';"
+--------------------------+-------+
| Variable_name | Value |
+--------------------------+-------+
| Open_files | 62507 |
| Open_streams | 0 |
| Open_table_definitions | 1843 |
| Open_tables | 18779 |
| Opened_files | 71902 |
| Opened_table_definitions | 3168 |
| Opened_tables | 18803 |
+--------------------------+-------+
この質問を書いているときに、サーバーがクラッシュしました。
2019-01-29T22:27:51.031406Z 54298197 [ERROR] [MY-013132] [Server] The table '/tmp/#sql9ae8_33c8655_13' is full!
2019-01-29T22:28:01.844610Z 54321796 [ERROR] [MY-013132] [Server] The table '/tmp/#sql9ae8_33ce284_1' is full!
開いているファイルが非常に多い理由をデバッグするにはどうすればよいですか？トラフィックは多いですが、通常開いている接続は10を超えないため、一時テーブルが閉じられないのはなぜですか？
lsof：（合計27000行、再起動後10時間）
COMMAND PID USER FD TYPE DEVICE SIZE/OFF NODE NAME
mysqld 23964 mysql cwd DIR 9,3 4096 49549201 /var/lib/mysql
mysqld 23964 mysql rtd DIR 9,3 4096 2 /
mysqld 23964 mysql txt REG 9,3 56952368 6292097 /usr/sbin/mysqld
mysqld 23964 mysql DEL REG 9,3 12858561 /tmp/mysql_temptable.As3HWG
mysqld 23964 mysql DEL REG 9,3 12858557 /tmp/mysql_temptable.I4gP0F
mysqld 23964 mysql DEL REG 9,3 12858554 /tmp/mysql_temptable.W139aF
mysqld 23964 mysql DEL REG 9,3 12858553 /tmp/mysql_temptable.MhBwlE
mysqld 23964 mysql DEL REG 9,3 12858551 /tmp/mysql_temptable.mcw0vD
mysqld 23964 mysql DEL REG 9,3 12858550 /tmp/mysql_temptable.OFuZ94
mysqld 23964 mysql DEL REG 9,3 12858544 /tmp/mysql_temptable.2ffRvY
mysqld 23964 mysql DEL REG 9,3 12858549 /tmp/mysql_temptable.VvXQPw
mysqld 23964 mysql DEL REG 9,3 12858541 /tmp/mysql_temptable.KTTZRR
mysqld 23964 mysql DEL REG 9,3 12858542 /tmp/mysql_temptable.eMVSbq
mysqld 23964 mysql DEL REG 9,3 12858538 /tmp/mysql_temptable.6Kaay
最初の行の後、すべてのファイルが削除されます。これが問題だと思いますが、なぜこれらのポインタがリリースされないのですか？
mysqld 27864 mysql 1658u REG 9,3 1048584 12846342 /tmp/mysql_temptable.wazlKx (deleted)
mysqld 27864 mysql 1660u REG 9,3 1048584 12846352 /tmp/mysql_temptable.S5Oo1m (deleted)
mysqld 27864 mysql 1662u REG 9,3 1048584 12846343 /tmp/mysql_temptable.l1CZjK (deleted)
mysqld 27864 mysql 1666u REG 9,3 1048584 12846366 /tmp/mysql_temptable.VDaTxb (deleted)
2019-02-19：提案されたようにいくつかの制限を増やし、mysqlcheck --all-databases、変更なし。
コメントに書いてあるように、トラフィックを止めてもオープンファイル数は減りません。
アプリケーションは安定していることが証明されており、問題が発生する前の数日間、コードやトラフィック量に大きな変更は加えられていません。 （その日は休日で、masterブランチにはコミットがないため、100％確信しています）
問題はMysqlのバグです（ https://bugs.mysql.com/bug.php?id=94185 ）
とにかく、調整によって問題が緩和され、開いているファイルの数が増えるのを止めました。
具体的には、次のように設定します。
innodb_lru_scan_depth=100
innodb_flushing_avg_loops=5
thread_cache_size=216
次の8.0.16リリースで修正されました。変更ログのエントリは次のとおりです。
誤ったスコープで定義された静的スレッドローカル変数は、スレッドの終了時に解放されませんでした。
まず、アサーション障害イベントが文書化されたときに221のmax_connections_usedの詳細を考慮して、RAMフットプリントを大幅に削減するには、1,000ではなくmax_connections = 500を検討してください。
私が目にする設定のほとんどは、tmp_table_size = 1G max_heap_table_size = 512Mの同一サイズです。