`ntpd`はハードウェアクロックを設定しますか？
ntpdはハードウェアクロックを設定しますか？
ntpdは、-qオプション（1回限りの修正）を渡した場合、ハードウェアクロックを設定しますか？
Linux 3.5.6、ntp 4.2.6.p5。
ここ は、ntpdがシステムクロックを11分ごとにハードウェアに同期するように書かれていますが、ntpd manでこれに関する参照を見つけることができません。
Serverfault.com でも同様の質問が行われました。これが答えでした。
RHEL 4.6のhwclock manページから：
This mode (we'll call it "11 minute mode") is off until something turns it on. The ntp
daemon xntpd is one thing that turns it on. You can turn it off by running
anything, including hwclock --hctosys, that sets the System Time the old fashioned way.
To see if it is on or off, use the command adjtimex --print and look at the value of
"status". If the "64" bit of this number (expressed in binary) equal to 0, 11 minute mode
is on. Otherwise, it is off.
つまり、hwclock --setを実行しているおかげで、おそらく無効になっています。同じトークンで、adjtimex --printの出力を確認して確認できます。