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RおよびRStudioのインストールおよびパッケージエラー

次のコードを使用して、Ubuntu 16.04にRとRStudioをインストールした後：

Sudo apt-get update
Sudo apt-get install r-base
Sudo apt-get install r-base-dev

そして

Sudo apt-get install gdebi-core
wget https://download1.rstudio.org/rstudio-1.0.143-AMD64.deb
Sudo gdebi rstudio-1.0.143-AMD64.deb

パッケージをインストールしようとしていますが、Rコンソールで次のようなエラーが発生します。

install.packages（ "fGarch"）
「/ usr/local/lib/R/site-library」へのパッケージのインストール
（「lib」は指定されていないため）
警告install.packages：
 'lib = "/ usr/local/lib/R/site-library"'は書き込み不可です

私はLinuxが初めてなので、どのパッケージにRパッケージをインストールするのかわかりません。これが問題なのか、インストールで間違いを犯したのかはわかりません。誰でもこの問題で私を助けることができますか？前もって感謝します。

package-managementsoftware-installationrrstudio
5
Fernando Aiube

この回答は、RおよびRStudioに追加のRパッケージをインストールすることに関するものです。RおよびRStudioのインストール方法については、 RStudioのインストール- -これは他のパッケージと大きく異なりますか？

Rパッケージをインストールする2つの方法

Sudo特権を持つRStudioまたはRはお勧めしません。 Sudo R INSTALL fGarchのようなSudoを使用して単一のRコマンドを実行することは問題ありません。以下に説明する2つの方法は、他の選択肢です。

1. UbuntuソフトウェアとしてのRパッケージ

Rを使用する場合、他のRパッケージをインストールする必要があります。これらはリポジトリで利用できる場合があります。必要なrパッケージをfGarchと言うと、リポジトリ内のパッケージはr-cran-fGarchと呼ばれます。を押して端末を開きます Cntrl+Alt+T そして入力：

Sudo apt install r-cran-fGarch

この方法でRパッケージをインストールすると、2つの利点があります。

  1. fGarchを最新の状態に保ちます。 R-CranリポジトリでfGarchが更新されるたびに、システム更新プロセスとともにコンピューターで更新されます。
  2. このコンピューターのすべてのユーザーは、RおよびRStudio内でfGarchパッケージを使用できます。

ただし、すべてのRパッケージに対応するプリコンパイル済みインストールdebパッケージがCranリポジトリにあるわけではありません。 fGarchはそのうちの1つに偶然起こります。したがって、上記の方法はこのパッケージでは機能しません。

2. RStudio内からのRパッケージ

fGarchなどのRパッケージは、RStudio内から簡単にインストールおよび更新できます。これを行うと、エラーメッセージが表示され、RStudioがホームディレクトリ/home/<user>/R/site-library/内に新しいファイル（更新を含む）を置くことがわかります。 RとRStudioを使用するこのコンピューターの唯一のユーザーである場合、これは問題ありません。 表示される「警告」は、パッケージfGarchの使用を止めるものではありません。ただし、このコンピューターの他のユーザーはアクセスできません。

この問題を解決し、RStudioに将来のすべての追加パッケージを適切な場所にインストールさせる1つの方法は、グループstaffに自分を追加することです。を押して端末を開きます Cntrl+Alt+T そして入力：

Sudo adduser <user> staff

<user>をユーザー名に置き換えます。

この後、パッケージをインストールまたは更新するオプションを取得します/usr/local/lib/R/site-library/または/home/<user>/R/site-library/。その後、前者をデフォルトのインストール場所として選択できます。

ソース： https://stackoverflow.com/questions/5560139/install-r-package-xml-in-debian-ubunt

お役に立てれば

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user68186

R 3.4.1がライブラリパスを変更する理由がわかりません。元に戻すには、単に/etc/R/Renvironを編集します：

$ Sudo gedit /etc/R/Renviron

コメントアウトR_LIBS_SITE=...その後コメントを解除R_LIBS_USER=...

# edd Jun 2017  Comment-out R_LIBS_USER
R_LIBS_USER=${R_LIBS_USER-'~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4'}

# edd Apr 2003  Allow local install in /usr/local, also add a directory for
#               Debian packaged CRAN packages, and finally the default dir 
# edd Jul 2007  Now use R_LIBS_SITE, not R_LIBS
#R_LIBS_SITE=${R_LIBS_SITE-'/usr/local/lib/R/site-library:/usr/lib/R/site-library:/usr/lib/R/library'}
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Tung

すべてのユーザーのRアドオンパッケージを/usr/local/libにインストールする場合は、Rスーパーユーザー権限を付与する必要があります。そこにファイルを作成します。 Rアドオンパッケージをスーパーユーザーとしてインストールするには：

Sudo R CMD INSTALL <PACKAGES…>

<PACKAGES…>を、インストールする任意の数のアドオンパッケージの名前に置き換えます。

自分専用のパッケージをインストールする場合は、Rスーパーユーザー権限を与える必要はありませんが、インストールターゲットを指定する必要があります。これを行う便利な方法の1つは、環境変数を使用することです。

export R_LIBS_USER=<PATH>

<PATH>をユーザー固有のRパッケージのディレクトリへのパスで置き換えます。 ~/.local/lib/R/site-libraryをお勧めします。これで、パッケージをインストールできます。

R CMD INSTALL <PACKAGES…>

Rを起動する前にこの環境変数が設定されていることを確認する必要があります。そうしないと、その場所にインストールされているパッケージが見つかりません。最適なオプションは、上記のexportコマンドをファイル~/.profileに追加することです。詳細については、 環境変数 を参照してください。

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David Foerster

Sudoの下のターミナルからRを開いてみてください。これにはパスワードを入力する必要があり、システム内のファイルを上書きする許可を与えることができます。 写真

編集：明確にするために画像を参照してください

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Nik P