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Amazon EC2 Linux Microインスタンスのvirtualenvでのscipyのインストールに関する問題

デフォルトのpythonコンパイラーにAmazon ec2 microインスタンス（Ubuntu 13.04）でscipyを正常にインストールしましたが、virtualenvにscipyをインストールできません。

pip install scipyはこのエラーで終了します

scipy/sparse/sparsetools/csr_wrap.cxx: In function ‘void init_csr()’:

scipy/sparse/sparsetools/csr_wrap.cxx:73303:21: warning: variable ‘md’ set but not used [-Wunused-but-set-variable]

c++: internal compiler error: Killed (program cc1plus)

Please submit a full bug report,

with preprocessed source if appropriate.

See <file:///usr/share/doc/gcc-4.7/README.Bugs> for instructions.

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Cleaning up...
Command /home/ubuntu/pnr/bin/python -c "import setuptools;__file__='/home/ubuntu/pnr/build/scipy/setup.py';exec(compile(open(__file__).read().replace('\r\n', '\n'), __file__, 'exec'))" install --record /tmp/pip-t8Drvd-record/install-record.txt --single-version-externally-managed --install-headers /home/ubuntu/pnr/include/site/python2.7 failed with error code -9 in /home/ubuntu/pnr/build/scipy

そして

Traceback (most recent call last):
  File "/home/ubuntu/pnr/bin/pip", line 9, in <module>
    load_entry_point('pip==1.4.1', 'console_scripts', 'pip')()
  File "/home/ubuntu/pnr/local/lib/python2.7/site-packages/pip/__init__.py", line 148, in main
    return command.main(args[1:], options)
  File "/home/ubuntu/pnr/local/lib/python2.7/site-packages/pip/basecommand.py", line 169, in main
    text = '\n'.join(complete_log)
UnicodeDecodeError: 'ascii' codec can't decode byte 0xe2 in position 53: ordinal not in range(128)

誰かが尋ねる前に。 pip freezeデフォルトのコンパイラー戻り値

Cheetah==2.4.4
Landscape-Client==12.12
M2Crypto==0.21.1
PAM==0.4.2
Pillow==2.0.0
PyYAML==3.10
Twisted-Core==12.3.0
Twisted-Names==12.3.0
Twisted-Web==12.3.0
apt-xapian-index==0.45
argparse==1.2.1
boto==2.3.0
chardet==2.0.1
cloud-init==0.7.2
configobj==4.7.2
distribute==0.6.34
distro-info==0.10
euca2ools==2.1.1
numpy==1.7.1
oauth==1.0.1
paramiko==1.7.7.1
prettytable==0.6.1
pyOpenSSL==0.13
pycrypto==2.6
pycurl==7.19.0
pygobject==3.8.0
pyserial==2.6
python-apt==0.8.8ubuntu6
python-debian==0.1.21-nmu2ubuntu1
requests==1.1.0
scipy==0.11.0
six==1.2.0
ssh-import-id==3.14
urllib3==1.5
virtualenv==1.10.1
wsgiref==0.1.2
zope.interface==4.0.5

pip freeze virtualenvのコマンドが返す

Cython==0.19.2
Flask==0.10.1
Flask-Bootstrap==3.0.0.1
Flask-WTF==0.9.3
Jinja2==2.7.1
MarkupSafe==0.18
WTForms==1.0.5
Werkzeug==0.9.4
argparse==1.2.1
beautifulsoup4==4.3.2
itsdangerous==0.23
numpy==1.7.1
pymongo==2.6.2
requests==2.0.0
wsgiref==0.1.2
pythonlinuxamazon-ec2scipyvirtualenv
42
Salil Panikkaveettil

1つの解決策は、マイクロインスタンスで一時的にスワップを有効にすることです。この SO post で説明されているように、次の方法で1GBのスワップを有効にします。

Sudo /bin/dd if=/dev/zero of=/var/swap.1 bs=1M count=1024
Sudo /sbin/mkswap /var/swap.1
Sudo /sbin/swapon /var/swap.1

スワップがオンになったら、pipを使用してscipyをインストールします。

Sudo apt-get install -y libatlas-base-dev gfortran python-dev build-essential g++
Sudo pip install numpy
Sudo pip install scipy

Scipyが正常にインストールされたら、次の方法で無効にできます。

Sudo swapoff /var/swap.1
Sudo rm /var/swap.1
101
Dolan Antenucci

これは私のために働いた：

pip --no-cache-dir install scipy

見る：

注：

  • 他のサービスプロバイダー、ハードウェア、VM、およびコンテナーで機能します。
  • if RAM 1GBの割り当てサイズ
  • キャッシュされたディレクトリのメモリ使用量と使用可能なRAMの差分を計算するだけです
28
jmunsch

はい、そのC++ファイルをコンパイルするには512MBでは十分ではありません。

最良のオプションは、Scipyをバイナリパッケージとしてビルドすることです（bdist、または eggs 、または、より現代的な wheels ）。互換環境を備えた別のマシンでpython setupegg.py bdist_Egg経由で。たとえば、仮想マシンのEC2インスタンスと同様のLinuxバージョンを使用します。

一般的に、pipがパッケージをインストールするとき、ソースファイルをコンパイルすることを覚えておくと良いでしょう。パッケージが小さくない場合、これは非効率的であり、バイナリパッケージを使用することをお勧めします。 wheelパッケージ形式は、pipと一緒にうまく機能するはずです。

8
pv.

私にとっては、エラーはわずかに異なっていました。

Blas (http://www.netlib.org/blas/) libraries not found.

Directories to search for the libraries can be specified in the

numpy/distutils/site.cfg file (section [blas]) or by setting

the BLAS environment variable.

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Cleaning up...
Command /home/kdixit/pyvirt/bin/python -c "import setuptools;__file__='/home/kdixit/pyvirt/build/scipy/setup.py';exec(compile(open(__file__).read().replace('\r\n

したがって、私はインストールする必要がありました

Sudo apt-get install libblas-dev

そしてそれは働いた。

2
Kinjal Dixit

t2.microでscipyコンパイル中に仮想メモリ不足エラーが発生していましたが、numpyは正常にコンパイルされたと思います。とにかく、私はDolan Antenucciの答えが私の問題を解決すると思うが、代わりに私はうまくいく別のルート、妥協を行った。

Ubuntuインスタンスを実行しているので、注意してください。

Sudo apt-get -y install python-scipy && echo -e "\nok, installed python-scipy, continuing...\n"

# add scipy to the venv
mkdir ~/venv_PROJECT/lib/python2.7/site-packages/scipy/
ln -s /usr/lib/python2.7/dist-packages/scipy/* ~/venv_PROJECT/lib/python2.7/site-packages/scipy/

# add numpy to the venv
mkdir ~/venv_PROJECT/lib/python2.7/site-packages/numpy/
ln -s /usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/* ~/venv_PROJECT/lib/python2.7/site-packages/numpy/

# add PIL to the venv
mkdir ~/venv_PROJECT/lib/python2.7/site-packages/PIL/
ln -s /usr/lib/python2.7/dist-packages/PIL/* ~/venv_PROJECT/lib/python2.7/site-packages/PIL/

妥協点は、異なる仮想環境間で異なるバージョンを使用することができず、リポジトリ内のバージョンに縛られていることです。

警告の言葉：

>>> import scipy
>>> scipy.__version__
'0.13.3'

>>> import numpy
>>> numpy.__version__
'1.8.2'

>>> from PIL import Image
>>> Image.VERSION
'1.1.7'
1
Daniel F