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Gephiで視覚化するためにnetworkxグラフを保存する方法は？

PythonのNetworkxモジュールを使用してページランクアルゴリズムに取り組んでいます。リストの辞書があります。辞書のキーはページのタイトルであり、その値はそのページで参照されているすべてのタイトルです。

したがって、視覚化を作成するために、私は最初にこれを行いました：

G = nx.DiGraph()
G = nx.from_dict_of_lists(ref_dict)

ここで、ref_dictは上記の辞書です。

グラフを作成した後、Networkxのwrite_edgelist関数を使用してグラフをcsv形式で保存しています。

nx.write_edgelist(subG,'PageRanks2.csv')

ここに私の問題があります。 csvファイルはエッジを次のように保存しています。

node1 node2 {} node1 node3 {}

このファイルをGephiで直接使用している場合、{}はノードとして扱われ、それに応じて視覚化が表示されます。では、networkxグラフを保存して視覚化するのに最適な形式は何でしょうか。

pythonnetworkxgephigraph-visualization
10
Suyash

Nx.write_gexf（G、 "test.gexf"）のようなwrite_gexf関数を使用し、Gephiを使用してファイルを開くと、getphiに表示されます。

参照 https://networkx.github.io/documentation/networkx-1.10/reference/generated/networkx.readwrite.gexf.write_gexf.html#write-gexf

8
semenbari

data引数を指定して、networkxに{}を追加しないように指示できます。

nx.write_edgelist(subG,'PageRanks2.csv', data=False)

Networkxとgephyの両方がサポートする他の形式（GraphMLなど）があり、データに属性が関連付けられている場合は、はるかに複雑なデータ視覚化タスクを実行できます。

2
Alz