web-dev-qa-db-ja.com

h5pyで作成されたHDF5ファイルをh5pyで開くことができない

AnacondaをPythonディストリビューションとして使用し、ipythonノートブックに書き込んでいます。Ubuntu12.04（32ビットバージョン）で、問題なくHDF5ファイルを作成しました。基礎となるデータはすべてnumpy配列です。たとえば、

import numpy as np
import h5py

f = h5py.File('myfile.hdf5','w')

group = f.create_group('a_group')

group.create_dataset(name='matrix', data=np.zeros((10, 10)), chunks=True, compression='gzip')

新しいiypthonノートブックからこのファイルを開こうとすると、エラーメッセージが表示されます。

f = h5py.File('myfile.hdf5', "r")

---------------------------------------------------------------------------
IOError                                   Traceback (most recent call last)
<ipython-input-4-b64ac5089cd4> in <module>()
----> 1 f = h5py.File(file_name, "r")

/home/sarah/anaconda/lib/python2.7/site-packages/h5py/_hl/files.pyc in __init__(self, name, mode, driver, libver, userblock_size, **kwds)
    220 
    221             fapl = make_fapl(driver, libver, **kwds)
--> 222             fid = make_fid(name, mode, userblock_size, fapl)
    223 
    224         Group.__init__(self, fid)

/home/sarah/anaconda/lib/python2.7/site-packages/h5py/_hl/files.pyc in make_fid(name, mode, userblock_size, fapl, fcpl)
     77 
     78     if mode == 'r':
---> 79         fid = h5f.open(name, h5f.ACC_RDONLY, fapl=fapl)
     80     Elif mode == 'r+':
     81         fid = h5f.open(name, h5f.ACC_RDWR, fapl=fapl)

/home/sarah/anaconda/lib/python2.7/site-packages/h5py/h5f.so in h5py.h5f.open (h5py/h5f.c:1741)()

IOError: Unable to open file (Unable to find a valid file signature)

欠落しているファイルの署名とは何か教えていただけますか？ファイルを作成したときに何かを見逃しましたか？

pythonnumpyiohdf5h5py
15
Lilith-Elina

私の質問のコメントで問題を解決したので、解決済みとしてマークするためにここに結果を書き込みます。

主な問題は、ファイルを作成した後でファイルを閉じるのを忘れたことです。 2つの単純なオプションがあったでしょう：

import numpy as np
import h5py

f = h5py.File('myfile.hdf5','w')
group = f.create_group('a_group')
group.create_dataset(name='matrix', data=np.zeros((10, 10)), chunks=True, compression='gzip')
f.close()

または、ファイルが自動的に閉じられるので、私のお気に入り：

import numpy as np
import h5py

with h5py.File('myfile.hdf5','w') as f:
    group = f.create_group('a_group')
    group.create_dataset(name='matrix', data=np.zeros((10, 10)), chunks=True, compression='gzip')
19
Lilith-Elina

私は https://github.com/matterport/Mask_RCNN を使用していて、同じエラーを生成しました：

    Traceback (most recent call last):
  File "detection.py", line 42, in <module>
    model.load_weights(model_path, by_name=True)
  File "/home/michael/Bachelor/important/Cable-detection/Mask_RCNN-2.1/samples/cable/mrcnn/model.py", line 2131, in load_weights
    f = h5py.File(filepath, mode='r')
  File "/home/michael/.local/lib/python3.6/site-packages/h5py/_hl/files.py", line 271, in __init__
    fid = make_fid(name, mode, userblock_size, fapl, swmr=swmr)
  File "/home/michael/.local/lib/python3.6/site-packages/h5py/_hl/files.py", line 101, in make_fid
    fid = h5f.open(name, flags, fapl=fapl)
  File "h5py/_objects.pyx", line 54, in h5py._objects.with_phil.wrapper (/tmp/pip-s_7obrrg-build/h5py/_objects.c:2840)
  File "h5py/_objects.pyx", line 55, in h5py._objects.with_phil.wrapper (/tmp/pip-s_7obrrg-build/h5py/_objects.c:2798)
  File "h5py/h5f.pyx", line 78, in h5py.h5f.open (/tmp/pip-s_7obrrg-build/h5py/h5f.c:2117)
OSError: Unable to open file (Addr overflow, addr = 800, size=8336, eoa=2144)
HDF5: infinite loop closing library
      D,T,F,FD,P,FD,P,FD,P,E,E,SL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL

上記の解決策も私にとってうまくいきました。トレーニングをランダムに中断したので、.hdf5ファイルが正しく閉じられなかったため、後で開くことができませんでした。

1
DerOzean