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MatplotlibとNetworkx-自己ループノードの描画

この関数があり、自己ループを描きたいです。どうやってやるの？
エッジは存在しますが、この例のポイントは（1,1）であり、ノードの名前を追加できなかったと思います。私の目標は、隣接行列からグラフを描くことです。これを行うためのより良い方法はありますか？

import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib.patches import FancyArrowPatch, Circle
import numpy as np

def draw_network(G,pos,ax,sg=None):

    for n in G:
        c=Circle(pos[n],radius=0.05,alpha=0.7)
        ax.add_patch(c)
        G.node[n]['patch']=c
        x,y=pos[n]
    seen={}
    for (u,v,d) in G.edges(data=True):
        n1=G.node[u]['patch']
        n2=G.node[v]['patch']
        rad=0.1
        if (u,v) in seen:
            rad=seen.get((u,v))
            rad=(rad+np.sign(rad)*0.1)*-1
        alpha=0.5
        color='k'

        e = FancyArrowPatch(n1.center,n2.center,patchA=n1,patchB=n2,
                            arrowstyle='-|>',
                            connectionstyle='arc3,rad=%s'%rad,
                            mutation_scale=10.0,
                            lw=2,
                            alpha=alpha,
                            color=color)
        seen[(u,v)]=rad
        ax.add_patch(e)
    return e


G=nx.MultiDiGraph([(1,2),(1,1),(1,2),(2,3),(3,4),(2,4),
                (1,2),(1,2),(1,2),(2,3),(3,4),(2,4)]
                )

pos=nx.spring_layout(G)
ax=plt.gca()
draw_network(G,pos,ax)
ax.autoscale()
plt.axis('equal')
plt.axis('off')

plt.show()
pythonmatplotlibgraphdrawnetworkx
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Athmane Ouzeriat

あなたのアプローチはmatplotlibの使用がかなり進んでいるようですが、それでも専用のグラフプロットライブラリを使用することをお勧めします（ networkxドキュメントもそうです （。グラフが大きくなるにつれて、より多くの問題が発生します-しかしそれらのライブラリですでに解決されている問題。

「go-to」オプションは graphviz で、これは複数のグラフの描画を適切に処理します。 networkxグラフからドットファイルを書き込んでから、グラフ描画ツールの1つ（ドット、ネイトなど）を使用できます。

グラフ属性 および マルチグラフエッジ属性 に基づいて構築する例を次に示します。

import networkx as nx
from networkx.drawing.nx_agraph import to_agraph 

# define the graph as per your question
G=nx.MultiDiGraph([(1,2),(1,1),(1,2),(2,3),(3,4),(2,4), 
    (1,2),(1,2),(1,2),(2,3),(3,4),(2,4)])

# add graphviz layout options (see https://stackoverflow.com/a/39662097)
G.graph['Edge'] = {'arrowsize': '0.6', 'splines': 'curved'}
G.graph['graph'] = {'scale': '3'}

# adding attributes to edges in multigraphs is more complicated but see
# https://stackoverflow.com/a/26694158                    
G[1][1][0]['color']='red'

A = to_agraph(G) 
A.layout('dot')                                                                 
A.draw('multi.png')

multi-graph with self loops

Ipythonシェル内から図面を簡単に呼び出すこともできることに注意してください： https://stackoverflow.com/a/1494556

6
Bonlenfum