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ValueError：ndarrayがcythonでC隣接していない

log-likelihoodを推定するために、cythonに次の関数を記述しました

@cython.boundscheck(False)
@cython.wraparound(False)
def likelihood(double m,
               double c,
               np.ndarray[np.double_t, ndim=1, mode='c'] r_mpc not None,
               np.ndarray[np.double_t, ndim=1, mode='c'] gtan not None,
               np.ndarray[np.double_t, ndim=1, mode='c'] gcrs not None,
               np.ndarray[np.double_t, ndim=1, mode='c'] shear_err not None,
               np.ndarray[np.double_t, ndim=1, mode='c'] beta not None,
               double rho_c,
               np.ndarray[np.double_t, ndim=1, mode='c'] rho_c_sigma not None):
    cdef double rscale = rscaleConstM(m, c,rho_c, 200)

    cdef Py_ssize_t ngals = r_mpc.shape[0]

    cdef np.ndarray[DTYPE_T, ndim=1, mode='c'] gamma_inf = Sh(r_mpc, c, rscale, rho_c_sigma)
    cdef np.ndarray[DTYPE_T, ndim=1, mode='c'] kappa_inf = Kap(r_mpc, c, rscale, rho_c_sigma)


    cdef double delta = 0.
    cdef double modelg = 0.
    cdef double modsig = 0.

    cdef Py_ssize_t i
    cdef DTYPE_T logProb = 0.


    #calculate logprob
    for i from ngals > i >= 0:

        modelg = (beta[i]*gamma_inf[i] / (1 - beta[i]*kappa_inf[i]))

        delta = gtan[i] - modelg

        modsig = shear_err[i]

        logProb = logProb -.5*(delta/modsig)**2  - logsqrt2pi - log(modsig)


    return logProb

しかし、この関数のコンパイルされたバージョンを実行すると、次のエラーメッセージが表示されます。

  File "Tools.pyx", line 3, in Tools.likelihood 
    def likelihood(double m,
ValueError: ndarray is not C-contiguous

この問題が発生する理由がよくわかりませんでしたか?? !!!役立つヒントを教えていただければ幸いです。

pythonnumpycython
13
Dalek

エラーが発生する直前に、flagsに渡すnumpy配列のlikelihood属性を出力してみてください。あなたはおそらく次のようなものを見るでしょう：

In [2]: foo.flags
Out[2]: 
  C_CONTIGUOUS : False
  F_CONTIGUOUS : True
  OWNDATA : True
  WRITEABLE : True
  ALIGNED : True
  UPDATEIFCOPY : False

C_CONTIGUOUS : False、それが問題だからです。修正するには、Cオーダーに変換します。

In [6]: foo = foo.copy(order='C')

In [7]: foo.flags
Out[7]: 
  C_CONTIGUOUS : True
  F_CONTIGUOUS : False
  OWNDATA : True
  WRITEABLE : True
  ALIGNED : True
  UPDATEIFCOPY : False
25
perimosocordiae