エキスパートRユーザー、.Rprofileには何が含まれていますか？
これが私の着色には役立ちませんが、ESSとEmacsから入手できます...
options("width"=160) # wide display with multiple monitors
options("digits.secs"=3) # show sub-second time stamps
r <- getOption("repos") # hard code the US repo for CRAN
r["CRAN"] <- "http://cran.us.r-project.org"
options(repos = r)
rm(r)
## put something this is your .Rprofile to customize the defaults
setHook(packageEvent("grDevices", "onLoad"),
function(...) grDevices::X11.options(width=8, height=8,
xpos=0, pointsize=10,
#type="nbcairo")) # Cairo device
#type="cairo")) # other Cairo dev
type="xlib")) # old default
## from the AER book by Zeileis and Kleiber
options(Prompt="R> ", digits=4, show.signif.stars=FALSE)
options("pdfviewer"="okular") # on Linux, use okular as the pdf viewer
毎回「head」、「summary」、「names」の完全な単語を入力するのは嫌いなので、エイリアスを使用します。
エイリアスを.Rprofileファイルに入れることはできますが、関数へのフルパス（例：utils :: head）を使用する必要があります。そうしないと機能しません。
# aliases
s <- base::summary
h <- utils::head
n <- base::names
編集：質問に答えるには、ターミナルで異なる色を使用するために colorout パッケージを使用できます。クール！ :-)
options(stringsAsFactors=FALSE)
.Rprofileには実際にはありませんが、それが私の共著者のコードを壊すかもしれないので、それがデフォルトだったらいいのにと思います。どうして？
1）文字ベクトルが使用するメモリが少なくなります（ただし、ほとんど使用されません）。
2）さらに重要なことは、次のような問題を回避することです。
> x <- factor(c("a","b","c"))
> x
[1] a b c
Levels: a b c
> x <- c(x, "d")
> x
[1] "1" "2" "3" "d"
そして
> x <- factor(c("a","b","c"))
> x[1:2] <- c("c", "d")
Warning message:
In `[<-.factor`(`*tmp*`, 1:2, value = c("c", "d")) :
invalid factor level, NAs generated
ファクターは、必要な場合（たとえば、グラフでの順序付けを実装する場合）に優れていますが、ほとんどの場合迷惑です。
これが私の私は常にメインのcranリポジトリを使用し、開発中のパッケージコードを簡単に入手できるようにするコードを持っています。
.First <- function() {
library(graphics)
options("repos" = c(CRAN = "http://cran.r-project.org/"))
options("device" = "quartz")
}
packages <- list(
"describedisplay" = "~/ggobi/describedisplay",
"linval" = "~/ggobi/linval",
"ggplot2" = "~/documents/ggplot/ggplot",
"qtpaint" = "~/documents/cranvas/qtpaint",
"tourr" = "~/documents/tour/tourr",
"tourrgui" = "~/documents/tour/tourr-gui",
"prodplot" = "~/documents/categorical-grammar"
)
l <- function(pkg) {
pkg <- tolower(deparse(substitute(pkg)))
if (is.null(packages[[pkg]])) {
path <- file.path("~/documents", pkg, pkg)
} else {
path <- packages[pkg]
}
source(file.path(path, "load.r"))
}
test <- function(path) {
path <- deparse(substitute(path))
source(file.path("~/documents", path, path, "test.r"))
}
Rコマンド履歴を保存し、Rを実行するたびに使用可能にするのが好きです。
シェルまたは.bashrcの場合：
export R_HISTFILE=~/.Rhistory
.Rprofile内：
.Last <- function() {
if (!any(commandArgs()=='--no-readline') && interactive()){
require(utils)
try(savehistory(Sys.getenv("R_HISTFILE")))
}
}
Windowsでの作業に便利な2つの関数を次に示します。
最初は\sを/に変換します。
.repath <- function() {
cat('Paste windows file path and hit RETURN twice')
x <- scan(what = "")
xa <- gsub('\\\\', '/', x)
writeClipboard(paste(xa, collapse=" "))
cat('Here\'s your de-windowsified path. (It\'s also on the clipboard.)\n', xa, '\n')
}
2番目は、新しいエクスプローラウィンドウで作業ディレクトリを開きます。
getw <- function() {
suppressWarnings(Shell(paste("Explorer", gsub('/', '\\\\', getwd()))))
}
私はこれを手に入れました。端末の全幅を使用するより動的なトリックで、COLUMNS環境変数からの読み取りを試みます（Linuxの場合）：
tryCatch(
{options(
width = as.integer(Sys.getenv("COLUMNS")))},
error = function(err) {
write("Can't get your terminal width. Put ``export COLUMNS'' in your \
.bashrc. Or something. Setting width to 120 chars",
stderr());
options(width=120)}
)
このようにして、ターミナルウィンドウのサイズを変更しても、Rは全幅を使用します。
これは、Mac（Linux）用に設計されたmy 〜/ .Rprofile のものです。
これらにより、エラーが見やすくなります。
options(showWarnCalls=T, showErrorCalls=T)
私はCRANメニューの選択が嫌いなので、良いものに設定してください。
options(repos=c("http://cran.cnr.Berkeley.edu","http://cran.stat.ucla.edu"))
より多くの歴史！
Sys.setenv(R_HISTSIZE='100000')
以下は、ターミナルからMac OSXで実行するためのものです（より安定しているためR.appを非常に好んでおり、ディレクトリごとに作業を整理できます。また、 〜/ .inputrc ）。デフォルトでは、X11ディスプレイが表示されますが、これは見た目が良くありません。代わりに、GUIと同じクォーツディスプレイが表示されます。 ifステートメントは、MacのターミナルからRを実行しているときにケースをキャッチすることになっています。
f = pipe("uname")
if (.Platform$GUI == "X11" && readLines(f)=="Darwin") {
# http://www.rforge.net/CarbonEL/
library("grDevices")
library("CarbonEL")
options(device='quartz')
Sys.unsetenv("DISPLAY")
}
close(f); rm(f)
そして、いくつかのライブラリをプリロードし、
library(plyr)
library(stringr)
library(RColorBrewer)
if (file.exists("~/util.r")) {
source("~/util.r")
}
ここで、 util.r は私が使用するもののランダムなバッグで、流動的です。
また、他の人がコンソールの幅について言及していたので、ここでそれを行う方法を示します。
if ( (numcol <-Sys.getenv("COLUMNS")) != "") {
numcol = as.integer(numcol)
options(width= numcol - 1)
} else if (system("stty -a &>/dev/null") == 0) {
# mac specific? probably bad in the R GUI too.
numcol = as.integer(sub(".* ([0-9]+) column.*", "\\1", system("stty -a", intern=T)[1]))
if (numcol > 0)
options(width= numcol - 1 )
}
rm(numcol)
ターミナルウィンドウのサイズを変更するたびに再実行する必要があるため、これは実際には.Rprofileにはありません。 util.rにあり、必要に応じてソースします。
私の個人的な機能とロードされたライブラリのほとんどはRfunctions.rスクリプトにあります
source("c:\\data\\rprojects\\functions\\Rfunctions.r")
.First <- function(){
cat("\n Rrrr! The statistics program for Pirates !\n\n")
}
.Last <- function(){
cat("\n Rrrr! Avast Ye, YO HO!\n\n")
}
#===============================================================
# Tinn-R: necessary packages
#===============================================================
library(utils)
necessary = c('svIDE', 'svIO', 'svSocket', 'R2HTML')
if(!all(necessary %in% installed.packages()[, 'Package']))
install.packages(c('SciViews', 'R2HTML'), dep = T)
options(IDE = 'C:/Tinn-R/bin/Tinn-R.exe')
options(use.DDE = T)
library(svIDE)
library(svIO)
library(svSocket)
library(R2HTML)
guiDDEInstall()
Shell(paste("mkdir C:\\data\\rplots\\plottemp", gsub('-','',Sys.Date()), sep=""))
pldir <- paste("C:\\data\\rplots\\plottemp", gsub('-','',Sys.Date()), sep="")
plot.str <-c('savePlot(paste(pldir,script,"\\BeachSurveyFreq.pdf",sep=""),type="pdf")')
ここに私のものがあります：
.First <- function () {
options(device="quartz")
}
.Last <- function () {
if (!any(commandArgs() == '--no-readline') && interactive()) {
require(utils)
try(savehistory(Sys.getenv("R_HISTFILE")))
}
}
# Slightly more flexible than as.Date
# my.as.Date("2009-01-01") == my.as.Date(2009, 1, 1) == as.Date("2009-01-01")
my.as.Date <- function (a, b=NULL, c=NULL, ...) {
if (class(a) != "character")
return (as.Date(sprintf("%d-%02d-%02d", a, b, c)))
else
return (as.Date(a))
}
# Some useful aliases
cd <- setwd
pwd <- getwd
lss <- dir
asd <- my.as.Date # examples: asd("2009-01-01") == asd(2009, 1, 1) == as.Date("2009-01-01")
last <- function (x, n=1, ...) tail(x, n=n, ...)
# Set proxy for all web requests
Sys.setenv(http_proxy="http://192.168.0.200:80/")
# Search RPATH for file <fn>. If found, return full path to it
search.path <- function(fn,
paths = strsplit(chartr("\\", "/", Sys.getenv("RPATH")), split =
switch(.Platform$OS.type, windows = ";", ":"))[[1]]) {
for(d in paths)
if (file.exists(f <- file.path(d, fn)))
return(f)
return(NULL)
}
# If loading in an environment that doesn't respect my RPATH environment
# variable, set it here
if (Sys.getenv("RPATH") == "") {
Sys.setenv(RPATH=file.path(path.expand("~"), "Library", "R", "source"))
}
# Load commonly used functions
if (interactive())
source(search.path("afazio.r"))
# If no R_HISTFILE environment variable, set default
if (Sys.getenv("R_HISTFILE") == "") {
Sys.setenv(R_HISTFILE=file.path("~", ".Rhistory"))
}
# Override q() to not save by default.
# Same as saying q("no")
q <- function (save="no", ...) {
quit(save=save, ...)
}
# ---------- My Environments ----------
#
# Rather than starting R from within different directories, I prefer to
# switch my "environment" easily with these functions. An "environment" is
# simply a directory that contains analysis of a particular topic.
# Example usage:
# > load.env("markets") # Load US equity markets analysis environment
# > # ... edit some .r files in my environment
# > reload() # Re-source .r/.R files in my environment
#
# On next startup of R, I will automatically be placed into the last
# environment I entered
# My current environment
.curr.env = NULL
# File contains name of the last environment I entered
.last.env.file = file.path(path.expand("~"), ".Rlastenv")
# Parent directory where all of my "environment"s are contained
.parent.env.dir = file.path(path.expand("~"), "Analysis")
# Create parent directory if it doesn't already exist
if (!file.exists(.parent.env.dir))
dir.create(.parent.env.dir)
load.env <- function (string, save=TRUE) {
# Load all .r/.R files in <.parent.env.dir>/<string>/
cd(file.path(.parent.env.dir, string))
for (file in lss()) {
if (substr(file, nchar(file)-1, nchar(file)+1) %in% c(".r", ".R"))
source(file)
}
.curr.env <<- string
# Save current environment name to file
if (save == TRUE) writeLines(.curr.env, .last.env.file)
# Let user know environment switch was successful
print (paste(" -- in ", string, " environment -- "))
}
# "reload" current environment.
reload <- resource <- function () {
if (!is.null(.curr.env))
load.env(.curr.env, save=FALSE)
else
print (" -- not in environment -- ")
}
# On startup, go straight to the environment I was last working in
if (interactive() && file.exists(.last.env.file)) {
load.env(readLines(.last.env.file))
}
Data.framesを「head」のように表示しますが、「head」と入力する必要はありません
print.data.frame <- function(df) {
if (nrow(df) > 10) {
base::print.data.frame(head(df, 5))
cat("----\n")
base::print.data.frame(tail(df, 5))
} else {
base::print.data.frame(df)
}
}
sink(file = 'R.log', split=T)
options(scipen=5)
.ls.objects <- function (pos = 1, pattern, order.by = "Size", decreasing=TRUE, head = TRUE, n = 10) {
# based on postings by Petr Pikal and David Hinds to the r-help list in 2004
# modified by: Dirk Eddelbuettel (http://stackoverflow.com/questions/1358003/tricks-to- manage-the-available-memory-in-an-r-session)
# I then gave it a few tweaks (show size as megabytes and use defaults that I like)
# a data frame of the objects and their associated storage needs.
napply <- function(names, fn) sapply(names, function(x)
fn(get(x, pos = pos)))
names <- ls(pos = pos, pattern = pattern)
obj.class <- napply(names, function(x) as.character(class(x))[1])
obj.mode <- napply(names, mode)
obj.type <- ifelse(is.na(obj.class), obj.mode, obj.class)
obj.size <- napply(names, object.size) / 10^6 # megabytes
obj.dim <- t(napply(names, function(x)
as.numeric(dim(x))[1:2]))
vec <- is.na(obj.dim)[, 1] & (obj.type != "function")
obj.dim[vec, 1] <- napply(names, length)[vec]
out <- data.frame(obj.type, obj.size, obj.dim)
names(out) <- c("Type", "Size", "Rows", "Columns")
out <- out[order(out[[order.by]], decreasing=decreasing), ]
if (head)
out <- head(out, n)
out
}
多くの場合、呼び出しに必要な一連のデバッグ呼び出しがあり、それらのコメントを外すのは非常に面倒です。 SOコミュニティ の助けを借りて、私は次のソリューションに進み、これを.Rprofile.siteに挿入しました。 # BROWSERはEclipseタスク用にあり、[タスクビュー]ウィンドウにブラウザー呼び出しの概要が表示されます。
# turn debugging on or off
# place "browser(expr = isTRUE(getOption("debug"))) # BROWSER" in your function
# and turn debugging on or off by bugon() or bugoff()
bugon <- function() options("debug" = TRUE)
bugoff <- function() options("debug" = FALSE) #pun intended
私はあまり凝っていません：
# So the mac gui can find latex
Sys.setenv("PATH" = paste(Sys.getenv("PATH"),"/usr/texbin",sep=":"))
#Use last(x) instead of x[length(x)], works on matrices too
last <- function(x) { tail(x, n = 1) }
#For tikzDevice caching
options( tikzMetricsDictionary='/Users/cameron/.tikzMetricsDictionary' )
setwd("C://path//to//my//prefered//working//directory")
library("ggplot2")
library("RMySQL")
library("foreign")
answer <- readline("What database would you like to connect to? ")
con <- dbConnect(MySQL(),user="root",password="mypass", dbname=answer)
私はmysqlデータベースから多くの仕事をしているので、すぐに接続できるのは天の恵みです。使用可能なデータベースを一覧表示する方法があればいいのに、すべての異なる名前を覚えておく必要はありません。
Stephen Turnerの投稿 on .Rprofilesには、いくつかの便利なエイリアスとスターター関数があります。
私は彼のhtとhhを頻繁に使用していることに気付きます。
#ht==headtail, i.e., show the first and last 10 items of an object
ht <- function(d) rbind(head(d,10),tail(d,10))
# Show the first 5 rows and first 5 columns of a data frame or matrix
hh <- function(d) d[1:5,1:5]
LaTeX にテーブルをエクスポートするための小さなスニペットを次に示します。私が書いた多くのレポートのすべての列名を数学モードに変更します。私の.Rprofileの残りはかなり標準的なもので、ほとんどが上記で説明されています。
# Puts $dollar signs in front and behind all column names col_{sub} -> $col_{sub}$
amscols<-function(x){
colnames(x) <- paste("$", colnames(x), "$", sep = "")
x
}
これが私の革新的ではありません。特定の選択の理由に関する考え：
stringsAsFactorsのデフォルトを設定しました。CSVを読み込むたびに引数として渡すのは非常に使い果たされるためです。私の.Rprofileがなかったコンピューター上のコンピューター。しかし、私はそれを維持しています、それが引き起こしたトラブルは、それを引き起こした日常的に設定されていないトラブルに比べて淡いです。options(error=recover)の前にutilsパッケージをロードしないと、interactive()ブロック内に配置されたときにrecoverを見つけることができません。.db内で常に使用するため、options(dropbox=...)ではなくfile.pathをドロップボックス設定に使用しました。先頭の.は、ls()で表示されないようにします。
難しい話は抜きにして：
if(interactive()) {
options(stringsAsFactors=FALSE)
options(max.print=50)
options(repos="http://cran.mirrors.hoobly.com")
}
.db <- "~/Dropbox"
# `=` <- function(...) stop("Assignment by = disabled, use <- instead")
options(BingMapsKey="blahblahblah") # Used by taRifx.geo::geocode()
.First <- function() {
if(interactive()) {
require(functional)
require(taRifx)
require(taRifx.geo)
require(ggplot2)
require(foreign)
require(R.utils)
require(stringr)
require(reshape2)
require(devtools)
require(codetools)
require(testthat)
require(utils)
options(error=recover)
}
}
ここに挙げたアイデアのいくつかを含む私のものです。
あなたが見たいかもしれない二つのこと：
- .set.width（）/ w()印刷幅を端末の幅に更新します。残念ながら、端末のサイズ変更時にこれを自動的に行う方法は見つかりませんでした-Rのドキュメントでは、これは一部のRインタープリターによって行われると述べています。
- 履歴は毎回タイムスタンプと作業ディレクトリとともに保存されます
。
.set.width <- function() {
cols <- as.integer(Sys.getenv("COLUMNS"))
if (is.na(cols) || cols > 10000 || cols < 10)
options(width=100)
options(width=cols)
}
.First <- function() {
options(digits.secs=3) # show sub-second time stamps
options(max.print=1000) # do not print more than 1000 lines
options("report" = c(CRAN="http://cran.at.r-project.org"))
options(Prompt="R> ", digits=4, show.signif.stars=FALSE)
}
# aliases
w <- .set.width
.Last <- function() {
if (!any(commandArgs()=='--no-readline') && interactive()){
timestamp(,prefix=paste("##------ [",getwd(),"] ",sep=""))
try(savehistory("~/.Rhistory"))
}
}
私は RでのCRANミラー選択のtcltkポップアップを無効化/抑制 が好きなので、私のものにはoptions(menu.graphics=FALSE)が含まれています。
以下を使用してcacheSweave（またはpgfSweave）を取得し、RStudioの[Compile PDF]ボタンを使用します。
library(cacheSweave)
assignInNamespace("RweaveLatex", cacheSweave::cacheSweaveDriver, "utils")
パッケージの最上位ディレクトリを指す環境変数R_USER_WORKSPACEがあります。 .Rprofileでは、（dev（）が機能するように）作業ディレクトリを設定し、Rサブディレクトリ内のすべての.Rファイルのソースとなる関数devlibを定義します。これは、上記のHadleyのl()関数に非常に似ています。
devlib <- function(pkg) {
setwd(file.path(Sys.getenv("R_USER_WORKSPACE", "."), deparse(substitute(pkg)), "dev"))
sapply(list.files("R", pattern=".r$", ignore.case=TRUE, full.names=TRUE), source)
invisible(NULL)
}
.First <- function() {
setwd(Sys.getenv("R_USER_WORKSPACE", "."))
options("repos" = c(CRAN = "http://mirrors.softliste.de/cran/", CRANextra="http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin"))
}
.Last <- function() update.packages(ask="graphics")
プロファイルに格子色のテーマを設定します。以下に、私が使用する2つのその他の調整を示します。
# Display working directory in the titlebar
# Note: This causes demo(graphics) to fail
utils::setWindowTitle(base::getwd())
utils::assignInNamespace("setwd",function(dir) {.Internal(setwd(dir));setWindowTitle(base::getwd())},"base")
# Don't print more than 1000 lines
options(max.print=2000)