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ファイルを渡されたa.Rを使用してコマンドラインでRMarkdownを呼び出す

要約すると、RStudioの 'input_file1.txt'でスクリプト 'Graphs.R'を使用してRmdを作成し、それをhtmlに編成しています。このプロセスを自動化して、コマンドラインでより多くのファイルを実行します。

これまでのところ、コマンドラインで実行するRscriptを取得することができます。

Rscript Graphs.R input_file1.txt

また、次を使用して.RMDファイルを作成できることも知っています。

Rscript -e rmarkdown :: render（Graphs.R）

しかし、私は次のことをしたいと思います：

Rscript -e rmarkdown :: render（ 'Graphs.R input_file1.txt'、 'output_file.Rmd'）

これを行う方法として何かアイデアはありますか？

rcommand-lineautomationargument-passingr-markdown
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user1234579

あなたが何をしようとしているのか完全に明確ではありません。 RスクリプトでRmdに変換する必要のあるテキストファイルがあり（なぜ最初からRmdだけではないのですか）、Rmdをレンダリングしたいようです。端末で次のコマンドを実行してこれを行うことができます。

Rscript Graphs.R
Rscript -e "rmarkdown::render('output_file.Rmd')"

最初のコマンドは、おそらくGraphs.Rを生成するoutput_file.Rmdファイルを実行します。 2番目のコマンドは、output_file.Rmdをoutput_file.htmlに編成するワンライナーを実行します。

Rファイルのコマンドライン引数を読みたい場合は、？commandArgsを試してください。

args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)

こちらもご覧ください Stack Overflow question 。

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Lincoln Mullen