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国の値をRの色としてマップをプロットしますか？

与えられた国の値に対応するグラデーションカラーで地図上にプロットしたい次の簡単なサンプルデータがあります。

ddf = read.table(text="
country value
USA 10
UK 30
Sweden 50
Japan 70
China 90
Germany 100
France 80
Italy 60
Nepal 40
Nigeria 20
", header=T)

グーグル検索で、私はいくつかのサイトを見つけました。しかし、私は小さくて明確で、できれば高速であるはずのコードを探しています（ggplotメソッドは比較的遅いことがわかりました）。世界地図の解像度は高くなくてもかまいません。

私は次のコードを試しました：

library(maptools)
data(wrld_simpl)
plot(wrld_simpl)

特定の国は次のように色付けできます： [R]マップパッケージを使用-世界地図上の特定の国で色付け コマンドを使用：

plot(wrld_simpl, col = c(gray(.80), "red")[grepl("^U", wrld_simpl@data$NAME) + 1])

しかし、どうすれば上記のデータを色のグラデーションでマップを取得できますか。ご協力いただきありがとうございます。

rdictionarychoropleth
11
rnso

より少ないコードとより粗い解像度のマップが必要な場合は、rworldmapを使用できます。

library(rworldmap)

#create a map-shaped window
mapDevice('x11')
#join to a coarse resolution map
spdf <- joinCountryData2Map(ddf, joinCode="NAME", nameJoinColumn="country")

mapCountryData(spdf, nameColumnToPlot="value", catMethod="fixedWidth")

デフォルトの分類、色、凡例は変更できます。こちらをご覧ください RJournal paper 。

名前よりも国コードの方が高速です。

rworldmap map

10
Andy

「遅い」を定義します。 ggplotは、数秒余分にコストをかけてマップ上にデータを表示するための最も柔軟な方法の1つを提供します。

library(RColorBrewer)
library(maptools)
library(ggplot2)

data(wrld_simpl)

ddf = read.table(text="
                 country value
                 'United States' 10
                 'United Kingdom' 30
                 'Sweden' 50
                 'Japan' 70
                 'China' 90
                 'Germany' 100
                 'France' 80
                 'Italy' 60
                 'Nepal' 40
                 'Nigeria' 20", header=TRUE)

# Pascal had a #spiffy solution that is generally faster

plotPascal <- function() {

  pal <- colorRampPalette(brewer.pal(9, 'Reds'))(length(ddf$value))
  pal <- pal[with(ddf, findInterval(value, sort(unique(value))))]

  col <- rep(grey(0.8), length(wrld_simpl@data$NAME))
  col[match(ddf$country, wrld_simpl@data$NAME)] <- pal

  plot(wrld_simpl, col = col)

}

plotme <- function() {

  # align colors to countries

  ddf$brk <- cut(ddf$value, 
                 breaks=c(0, sort(ddf$value)), 
                 labels=as.character(ddf[order(ddf$value),]$country),
                 include.lowest=TRUE)

  # this lets us use the contry name vs 3-letter ISO
  wrld_simpl@data$id <- wrld_simpl@data$NAME

  wrld <- fortify(wrld_simpl, region="id")
  wrld <- subset(wrld, id != "Antarctica") # we don't rly need Antarctica

  gg <- ggplot()

  # setup base map
  gg <- gg + geom_map(data=wrld, map=wrld, aes(map_id=id, x=long, y=lat), fill="white", color="#7f7f7f", size=0.25)

  # add our colored regions
  gg <- gg + geom_map(data=ddf, map=wrld, aes(map_id=country, fill=brk),  color="white", size=0.25)

  # this sets the scale and, hence, the legend
  gg <- gg + scale_fill_manual(values=colorRampPalette(brewer.pal(9, 'Reds'))(length(ddf$value)), 
                               name="Country")

  # this gives us proper coords. mercator proj is default
  gg <- gg + coord_map()
  gg <- gg + labs(x="", y="")
  gg <- gg + theme(plot.background = element_rect(fill = "transparent", colour = NA),
                   panel.border = element_blank(),
                   panel.background = element_rect(fill = "transparent", colour = NA),
                   panel.grid = element_blank(),
                   axis.text = element_blank(),
                   axis.ticks = element_blank(),
                   legend.position = "right")
  gg

}

system.time(plotme())
##  user  system elapsed 
## 1.911   0.005   1.915 

system.time(plotthem())
##  user  system elapsed 
## 1.125   0.014   1.138

Ggplotコードは、次のマップを生成します。

enter image description here

タイミングは実行ごとに異なりますが、1分以上離れていることはありません（私のシステムでは平均0.6mのように見えましたが、広範なベンチマークを実行するつもりはありませんでした）。

更新

要件が引き続き引き出されているため、離散スケールを連続スケールに簡単に置き換えることができます。

pal <- colorRampPalette(brewer.pal(9, 'Reds'))(length(ddf$value))
palSz <- 10 # not sure what you really want/need for this range

gg <- gg + scale_fill_gradient2(low = pal[1],
                                mid = pal[palSz/2],
                                high = pal[palSz],
                                midpoint = (max(ddf$value) + min(ddf$value)) / 2,
                                name="value")

enter image description here

ただし、複雑さを抽象化するため、@ Andyのrworldmapを使用する必要があるようです。

10
hrbrmstr

おそらく最適化されていません：

library(RColorBrewer)
library(maptools)
data(wrld_simpl)

ddf = read.table(text="
country value
'United States' 10
'United Kingdom' 30
'Sweden' 50
'Japan' 70
'China' 90
'Germany' 100
'France' 80
'Italy' 60
'Nepal' 40
'Nigeria' 20", header=TRUE)

Redsはカラーパレットの名前です。見る ?brewer.pal他の利用可能なパレットの場合。

pal <- colorRampPalette(brewer.pal(9, 'Reds'))(length(ddf$value))
pal <- pal[with(ddf, findInterval(value, sort(unique(value))))]

col <- rep(grey(0.8), length(wrld_simpl@data$NAME))
col[match(ddf$country, wrld_simpl@data$NAME)] <- pal

plot(wrld_simpl, col = col)

enter image description here

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user3710546