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ggplotがfacet_wrapのファセットラベルの名前を変更

Ggplot関数を作成する際に障害になりました。 ggplot facet_wrapプロットのファセットラベルを変更しようとしていますが、実際よりもトリッキーです。

使用しているデータはこちらからアクセスできます

str(ggdata)
'data.frame':   72 obs. of  8 variables:
 $ Season : Factor w/ 3 levels "Autumn","Spring",..: 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 ...
 $ Site   : Factor w/ 27 levels "Afon Cadnant",..: 13 13 13 13 13 13 13 13 13 13 ...
 $ Isotope: Factor w/ 4 levels "14CAA","14CGlu",..: 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 ...
 $ Time   : int  0 2 5 24 48 72 0 2 5 24 ...
 $ n      : int  3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 ...
 $ mean   : num  100 88.4 80.7 40.5 27.6 ...
 $ sd     : num  0 1.74 2.85 2.58 2.55 ...
 $ se     : num  0 1 1.65 1.49 1.47 ...

アイソトープ因子レベルを使用してファセットにラベルを付けるggplotを作成する次の関数を作成しました。

plot_func <- function(T) {site_plots <- ggplot(data = T) + geom_point(aes(Time, mean, colour = Season, shape = Season)) + 
  geom_line(aes(Time, mean, colour = Season, linetype = Season)) +
  geom_errorbar(aes(Time, mean, ymax = (mean + se), ymin = (mean - se)), width = 2) +
  labs(title = T$Site[1], y = "Percentage of isotope remaining in solution", x = "Time (h)") +
  scale_x_continuous(breaks=c(0, 24, 48, 72)) +
  scale_y_continuous(limits=c(0,115), breaks = c(0,25,50,75,100)) +  
  theme(axis.title.y = element_text(vjust = 5)) +
  theme(axis.title.x = element_text(vjust = -5)) + theme(plot.title =  element_text(vjust = -10)) +
  theme_bw() + facet_wrap(~Isotope, ncol =2) 
  print(site_plots)
  ggsave(plot = site_plots, filename = paste(T$Site[1], ".pdf"), 
     path = "C:/Users/afs61d/Dropbox/Academic/R/Practice datasets/Helens_data/Site_Isotope_Season_plots/", 
     width = 9, height = 7, dpi = 300)}

この素敵なグラフの結果：

enter image description here

これはいいことですが、ファセットラベルを変更したいのですが...グーグルを少し調べたら、labeller関数をfacet_wrapに渡す引数として使用できると思いました。イライラする1時間後、これはfacet_grid !!! ???したがって、別の方法は、Factorレベルの名前を変更して、必要なファセットラベルを取得することでした。

 gdata$Isotope <- revalue(x = ggdata$Isotope, 
c("14CAA" = " 14C Amino Acids", "14CGlu" = "14C Glucose", 
  "14cGlu6P" = "14C Glucose-6-phosphate", "33P" = "33P Phosphate"))

これは機能しますが、私が今持っている問題は、ラベルの数字を上付きにしたいということです。誰かがこれを達成するための最良の方法を提案できますか？ありがとう

rggplot2facet-wrap
13
Rory Shaw

整理して管理しましょう！ ggplotの開発バージョンのインストールに問題がありましたが、curlとdevtoolsをインストールして再インストールした後、scalesitが機能しました。私は@ eipi10の答えを試しましたが、うまくいきませんでしたので、因子ラベル名を別の方法で変更しました：

ggdata$Isotope <- factor(ggdata$Isotope, labels = c("NULL^14*C~Amino~Acids", 
"NULL^14*C~Glucose", "NULL^14*C~Glucose-6-phosphate", "NULL^33*P~Phosphate"))

次に、labeller = label_parsedをfacet_wrap関数に渡すようにggplot関数を調整しました。

plot_func <- function(T) {site_plots <- ggplot(data = T) + geom_point(aes(Time, mean, colour = Season, shape = Season)) + 
  geom_line(aes(Time, mean, colour = Season, linetype = Season)) +
  geom_errorbar(aes(Time, mean, ymax = (mean + se), ymin = (mean - se)), width = 2) +
  labs(title = T$Site[1], y = "Percentage of isotope remaining in solution", x = "Time (h)") +
  scale_x_continuous(breaks=c(0, 24, 48, 72)) +
  scale_y_continuous(limits=c(0,115), breaks = c(0,25,50,75,100)) +  
  theme(axis.title.y = element_text(vjust = 5)) +
  theme(axis.title.x = element_text(vjust = -5)) + theme(plot.title = element_text(vjust = -10)) +
  theme_bw() + facet_wrap(~Isotope, ncol =2, labeller = label_parsed) 
  print(site_plots)
  ggsave(plot = site_plots, filename = paste(T$Site[1], ".pdf"), 
     path = "C:/Users/afs61d/Dropbox/Academic/R/Practice datasets/Helens_data/Site_Isotope_Season_plots/", 
     width = 9, height = 7, dpi = 300)}

ggdataをplot_funcに渡すと、以下のグラフに正しいファセットラベルが表示されます。

enter image description here

2
Rory Shaw

ファセットラベルを適切な式に設定し、labeller関数label_parsedを使用して、適切に表示されるようにします。次に、組み込みのirisデータフレームを使用した例を示します。

data(iris)
iris$Species = as.character(iris$Species)
iris$Species[iris$Species == "virginica"] = "NULL^14*C~Amino~Acids"

ggplot(iris, aes(Sepal.Width, Sepal.Length)) +
  geom_point() +
  facet_wrap(~ Species, labeller=label_parsed)

^14*Cの前にNULLを追加する必要があります。そうしないと、最初の文字が^になるためエラーが発生します。 *および~は、各部分の間にスペースを入れないかどうかに応じて、式の各部分の境界をマークします。

これを書いている時点（2015年12月12日）では、これをggplot2で使用するには、facet_wrapの開発バージョンを使用する必要があります。ただし、この機能はおそらく間もなく、パッケージの通常のリリースに組み込まれる予定です。

enter image description here

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eipi10