knitrとRMarkdownを使用して、チャンク内の複数のページに複数の図を追加するにはどうすればよいですか？
私はforループを使用して、knitrとrmarkdownを使用して1つのチャンクで複数のページにまたがる複数の大きな数字を作成しています。 Wordおよびhtml出力では正常に機能しますが、pdf出力には1つの問題があります。
これは私の問題を再現するための最小限のRMarkdownの例です。
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title: "Knitr test"
date: "6 April 2015"
output: pdf_document
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```{r, echo=FALSE, fig.width=6.5,fig.height=10}
library(ggplot2)
for (i in seq(1, 4)){
p <- ggplot(cars, aes(speed, dist)) + geom_point()
print(p)
}
```
生成されたPDFファイルは次のようになります。このページには2つの図が印刷されています。
Fig.heightを変更し、rmdファイルにいくつかのセクションを追加すると、2つの図が同じページに異なる配置で印刷されます。
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title: "Knitr test"
output: pdf_document
date: "6 April 2015"
---
## Section A
Row B
```{r plot_phenotype, echo = FALSE, fig.height=8, fig.width=6.5}
library(ggplot2)
for (i in seq(1, 4))
{
p <- ggplot(cars, aes(speed, dist)) + geom_point()
print(p)
}
```
この問題を修正するための提案をありがとう。
RStudio0.99.375を使用しています。これは私のセッション情報です。
sessionInfo()
R version 3.1.3 (2015-03-09)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 7 x64 (build 7601) Service Pack 1
locale:
[1] LC_COLLATE=English_Australia.1252 LC_CTYPE=English_Australia.1252
[3] LC_MONETARY=English_Australia.1252 LC_NUMERIC=C
[5] LC_TIME=English_Australia.1252
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] rmarkdown_0.5.3.1 knitr_1.9.5
loaded via a namespace (and not attached):
[1] colorspace_1.2-5 digest_0.6.8 evaluate_0.5.5 formatR_1.0
[5] ggplot2_1.0.0 grid_3.1.3 gtable_0.1.2 htmltools_0.2.6
[9] MASS_7.3-34 munsell_0.4.2 plyr_1.8.1 proto_0.3-10
[13] Rcpp_0.11.5 reshape2_1.4.1 scales_0.2.4 stringr_0.6.2
[17] tcltk_3.1.3 tools_3.1.3 yaml_2.1.13
私は自分の問題を解決しました。
生成されたtexファイルでは、各図の後に新しい行はありません。上記のrmdファイルを使用して生成したこのtexコード：
\includegraphics{test_files/figure-latex/plot_phenotype-1.pdf}
\includegraphics{test_files/figure-latex/plot_phenotype-2.pdf}
\includegraphics{test_files/figure-latex/plot_phenotype-3.pdf}
\includegraphics{test_files/figure-latex/plot_phenotype-4.pdf}
解決策は、各サイクルの後に新しい行を追加して図を印刷することです。
cat('\r\n\r\n')
ここに2つの「\ r\n」が必要な理由がわかりません。生成されたtexファイルは次のようになります。
\includegraphics{test_files/figure-latex/plot_phenotype-1.pdf}
\includegraphics{test_files/figure-latex/plot_phenotype-2.pdf}
\includegraphics{test_files/figure-latex/plot_phenotype-3.pdf}
\includegraphics{test_files/figure-latex/plot_phenotype-4.pdf}
これは私のRmdファイルの完全な例です
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title: "Knitr test"
output:
pdf_document:
keep_tex: yes
date: "6 April 2015"
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## Section A
Row B
```{r plot_phenotype, echo = FALSE, fig.height=8, fig.width=6.5}
library(ggplot2)
library(grid)
for (i in seq(1, 4))
{
grid.newpage()
p <- ggplot(cars, aes(speed, dist)) + geom_point()
print(p)
cat('\r\n\r\n')
}
```
編集1（LaTeX）：新しいページに問題があるため、これをRMarkdownで機能させることができないようです。しかし、純粋なLaTeXを使用すると、1ページに複数のプロットがあり、最初にテキストがあるという問題が解決するようです。それがあなたが望むものであるかどうかはわかりませんが。 RStudioで、新しいR Sweave（.Rnw）ファイルを開き、次のことを試してください。
\documentclass{article}
\begin{document}
\title{A report}
\author{Me}
\maketitle
\section{One section}
Some text that does not say anything interesting.
<<r, echo=FALSE, fig.width=6.5, fig.height=7>>=
library(ggplot2)
for (i in seq(1, 4)){
p <- ggplot(cars, aes(speed, dist)) + geom_point()
print(p)
}
@
\end{document}
これにより、次のようになります。
編集2（RMarkdown）（回答に基づく）：回答からコードを実行すると、テキストを含む最初のページが表示され、次にプロットごとに1ページが表示されます。これが必要な場合は、次を使用するだけで同じ結果を得ることができます（つまり、grid.newpage、\rs、およびkeep_texを削除します）。
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title: "Knitr test"
output: pdf_document
date: "6 April 2015"
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## Section A
Row B
```{r plot_phenotype, echo = FALSE, fig.height=10, fig.width=6.5}
library(ggplot2)
for (i in seq(1, 4))
{
p <- ggplot(cars, aes(speed, dist)) + geom_point()
print(p)
cat('\n\n')
}
```
これにより、次のようになります。
Fig.heightを7に変更すると、上記のLaTeXと同じ結果が得られます。