NAを除くRの列全体の平均

Question

私がこの質問の最初の人だとは想像できませんが、解決策はまだ見つかりません（ここまたは他の場所）。

Rで平均したい列がいくつかあります。最小限のトリッキーな側面は、一部の列にNAが含まれていることです。

例えば：

Trait Col1 Col2 Col3
DF    23   NA   23
DG    2    2    2
DH    NA   9    9

NAを無視して、最初の3列のエントリを平均化するCol4を作成します。そう：

 Trait Col1 Col2 Col3 Col4
 DF    23   NA   23   23
 DG    2    2    2    2
 DH    NA   9    9    9 

理想的には次のようなものが機能します：

data$Col4 <- mean(data$Chr1, data$Chr2, data$Chr3, na.rm=TRUE)

しかし、そうではありません。

Answer 1

rowMeans()が必要ですが、重要なことにna.rm引数に設定するTRUE。例えば。：

> mat <- matrix(c(23,2,NA,NA,2,9,23,2,9), ncol = 3)
> mat
     [,1] [,2] [,3]
[1,]   23   NA   23
[2,]    2    2    2
[3,]   NA    9    9
> rowMeans(mat)
[1] NA  2 NA
> rowMeans(mat, na.rm = TRUE)
[1] 23  2  9

あなたの例を一致させるには：

> dat <- data.frame(Trait = c("DF","DG","DH"), mat)
> names(dat) <- c("Trait", paste0("Col", 1:3))
> dat
  Trait Col1 Col2 Col3
1    DF   23   NA   23
2    DG    2    2    2
3    DH   NA    9    9
> dat <- transform(dat, Col4 = rowMeans(dat[,-1], na.rm = TRUE))
> dat
  Trait Col1 Col2 Col3 Col4
1    DF   23   NA   23   23
2    DG    2    2    2    2
3    DH   NA    9    9    9