web-dev-qa-db-ja.com

Rでの作業中にすべてのパッケージをデタッチします

別の問題を解決するために取り組んでいる間、私はこの問題を得ました：

次の方法ですべてのRオブジェクトを削除できます。

rm(list = ls(all = TRUE))

作業セッション中にインストール済みパッケージをデタッチできる同等のコマンドはありますか？

> sessionInfo()
R version 2.12.2 (2011-02-25)
Platform: i386-pc-mingw32/i386 (32-bit)

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252 
[2] LC_CTYPE=English_United States.1252   
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C                          
[5] LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base

require（ggplot2）

Loading required package: ggplot2
Loading required package: reshape
Loading required package: plyr

Attaching package: 'reshape'

The following object(s) are masked from 'package:plyr':

    round_any

Loading required package: grid
Loading required package: proto

sessionInfo（）

R version 2.12.2 (2011-02-25)
Platform: i386-pc-mingw32/i386 (32-bit)

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252 
[2] LC_CTYPE=English_United States.1252   
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C                          
[5] LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] grid      stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods  
[8] base     

other attached packages:
[1] ggplot2_0.8.9 proto_0.3-9.1 reshape_0.8.4 plyr_1.4

私はこの方法を試しましたが、グローバルなソリューションではありませんでした：

pkg <- c("package:ggplot2_0.8.9", "package:proto_0.3-9.1", "package:reshape_0.8.4",  "package:plyr_1.4")

 detach(pkg, character.only = TRUE)

Error in detach(pkg, character.only = TRUE) : invalid 'name' argument
In addition: Warning message:
In if (is.na(pos)) stop("invalid 'name' argument") :
  the condition has length > 1 and only the first element will be used

私が求めているのはグローバルなものです：

  rm(list = ls(all = TRUE))

オブジェクトの場合、添付された基本パッケージが削除されないことを期待

ありがとう。

rworkspace
85
John Clark

だから、誰かが単に次のように答えるべきでした。

lapply(paste('package:',names(sessionInfo()$otherPkgs),sep=""),detach,character.only=TRUE,unload=TRUE)

（編集：6-28-19）R 3.6.0の最新バージョンでは、代わりに使用してください。

invisible(lapply(paste0('package:', names(sessionInfo()$otherPkgs)), detach, character.only=TRUE, unload=TRUE))

Invisible（*）の使用は必須ではありませんが、NULL応答がRウィンドウを垂直方向にスパムするのを防ぐのに役立つことに注意してください。

85
mmfrgmpds

これを試してください：

detachAllPackages <- function() {

  basic.packages <- c("package:stats","package:graphics","package:grDevices","package:utils","package:datasets","package:methods","package:base")

  package.list <- search()[ifelse(unlist(gregexpr("package:",search()))==1,TRUE,FALSE)]

  package.list <- setdiff(package.list,basic.packages)

  if (length(package.list)>0)  for (package in package.list) detach(package, character.only=TRUE)

}

detachAllPackages()
51
mjaniec

あなたは近くにいました。 detach()の最初の引数nameについて_?detach_が言っていることに注意してください：

引数：

_name: The object to detach.  Defaults to ‘search()[pos]’.  This can
      be an unquoted name or a character string but _not_ a
      character vector.  If a number is supplied this is taken as
      ‘pos’.
_

したがって、pkgの要素ごとにdetach()を繰り返し呼び出す必要があります。これを機能させるために指定する必要がある他の引数がいくつかあります。 1つ目は_character.only = TRUE_です。これにより、関数はnameが文字列であると想定できます。これがないと機能しません。第二に、関連する名前空間をアンロードすることもおそらく必要です。これは、_unload = TRUE_を設定することで実現できます。したがって、解決策は次のとおりです。

_pkg <- c("package:vegan","package:permute")
lapply(pkg, detach, character.only = TRUE, unload = TRUE)
_

完全な例を次に示します。

_> require(vegan)
Loading required package: vegan
Loading required package: permute
This is vegan 2.0-0
> sessionInfo()
R version 2.13.1 Patched (2011-09-13 r57007)
Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_GB.utf8       LC_NUMERIC=C             
 [3] LC_TIME=en_GB.utf8        LC_COLLATE=en_GB.utf8    
 [5] LC_MONETARY=C             LC_MESSAGES=en_GB.utf8   
 [7] LC_PAPER=en_GB.utf8       LC_NAME=C                
 [9] LC_ADDRESS=C              LC_TELEPHONE=C           
[11] LC_MEASUREMENT=en_GB.utf8 LC_IDENTIFICATION=C      

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods  
[7] base     

other attached packages:
[1] vegan_2.0-0   permute_0.7-0

loaded via a namespace (and not attached):
[1] grid_2.13.1     lattice_0.19-33 tools_2.13.1   
> pkg <- c("package:vegan","package:permute")
> lapply(pkg, detach, character.only = TRUE, unload = TRUE)
[[1]]
NULL

[[2]]
NULL

> sessionInfo()
R version 2.13.1 Patched (2011-09-13 r57007)
Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_GB.utf8       LC_NUMERIC=C             
 [3] LC_TIME=en_GB.utf8        LC_COLLATE=en_GB.utf8    
 [5] LC_MONETARY=C             LC_MESSAGES=en_GB.utf8   
 [7] LC_PAPER=en_GB.utf8       LC_NAME=C                
 [9] LC_ADDRESS=C              LC_TELEPHONE=C           
[11] LC_MEASUREMENT=en_GB.utf8 LC_IDENTIFICATION=C      

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods  
[7] base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] grid_2.13.1     lattice_0.19-33 tools_2.13.1
_

これを関数に変換する場合は、sessionInfo()のコードを調べて、「その他の添付パッケージ：」としてラベル付けされているものをどのように識別するかを確認してください。そのコードの一部を上記のアイデアと1つの機能で組み合わせれば、あなたは家に居ながらドライになります。ただし、それはあなたにお任せします。

29
Gavin Simpson

nothing

RomainFrançois で利用できるソリューションを追加する価値があるかもしれません。パッケージをロードすると、 nothing 、これは現在 GitHub で利用可能です。ロードされたすべてのパッケージをアンロードします。 Romainが提供する例のように：

loadedNamespaces()
[1] "base"      "datasets"  "grDevices" "graphics"  "methods"   "stats"
[7] "utils"

require(nothing, quietly = TRUE)

loadedNamespaces()
[1] "base"

Installation

devtools パッケージの使用：

devtools::install_github("romainfrancois/nothing")

pacman

別のアプローチでは、 pacman CRANから入手可能なパッケージを使用します。

pacman::p_unload(pacman::p_loaded(), character.only = TRUE)
21
Konrad

Gavinの答えに基づいていますが、完全な機能に完全ではありませんが、次のシーケンスになります。

sess.pkgs <- function (package = NULL) 
{   z <- list()
       if (is.null(package)) {
        package <- grep("^package:", search(), value = TRUE)
        keep <- sapply(package, function(x) x == "package:base" || 
            !is.null(attr(as.environment(x), "path")))
        package <- sub("^package:", "", package[keep])
    }
    pkgDesc <- lapply(package, packageDescription)
    if (length(package) == 0) 
        stop("no valid packages were specified")
    basePkgs <- sapply(pkgDesc, function(x) !is.null(x$Priority) && 
        x$Priority == "base")
    z$basePkgs <- package[basePkgs]
    if (any(!basePkgs)) {
        z$otherPkgs <-  package[!basePkgs]
    }
    z
}

lapply(paste("package:",sess.pkgs()$otherPkgs, sep=""), detach, 
                             character.only = TRUE, unload = TRUE)
9
42-

または、RStudioを使用している場合は、[パッケージ]タブのすべてのチェックボックスをオフにして切り離します。

4
Ajay Ohri

同じ名前の関数が互いに競合しているパッケージで問題が発生している場合、必要な関数のパッケージの名前空間をいつでも参照できます。

pkg_name::function_i_want()
0
M. Wood

ほとんどの場合、plyr対dplyrの問題です。コードの冒頭でこれを使用します。

detach("package:plyr", unload=TRUE)

そのため、スクリプトが実行されるたびに、plyrパッケージがクリアされます

0
Prashant