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Rにキャレットパッケージをインストールする際の依存関係の問題

Rパッケージをインストールしようとしていますcaret

_ERROR: dependencies ‘ggplot2’, ‘reshape2’, ‘BradleyTerry2’ are not available for package ‘caret’_

私はこれを個別にインストールしようとしましたが、これはインストールが進行中であることを示し、_installation of package ‘X’ had non-zero exit status_というメッセージで終了します

_1: In install.packages("caret") :
  installation of package ‘minqa’ had non-zero exit status
2: In install.packages("caret") :
  installation of package ‘RcppEigen’ had non-zero exit status
3: In install.packages("caret") :
  installation of package ‘scales’ had non-zero exit status
4: In install.packages("caret") :
  installation of package ‘reshape2’ had non-zero exit status
5: In install.packages("caret") :
  installation of package ‘lme4’ had non-zero exit status
6: In install.packages("caret") :
  installation of package ‘ggplot2’ had non-zero exit status
7: In install.packages("caret") :
  installation of package ‘BradleyTerry2’ had non-zero exit status
8: In install.packages("caret") :
  installation of package ‘caret’ had non-zero exit status
_

いくつかのパッケージをインストールするように再帰的に依頼します。どうした？

以前のバージョンを使用していて、同様のエラーが発生しました。最新のものを削除してインストールしました。現在のバージョンはR version 3.1.2 (2014-10-31) -- "Pumpkin Helmet"ですが、同様のエラーメッセージが表示されます

[〜＃〜]更新[〜＃〜]

メッセージが表示されます：install.packages('caret', repos='http://cran.rstudio.com/')

_Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
also installing the dependencies ‘minqa’, ‘RcppEigen’, ‘scales’, ‘lme4’, ‘ggplot2’, ‘reshape2’, ‘BradleyTerry2’
_

そしてプロセスはで終わります：

_installing to /usr/local/lib/R/site-library/reshape2/libs
** R
** data
*** moving datasets to lazyload DB
** inst
** preparing package for lazy loading
Error : package ‘stringr’ was built before R 3.0.0: please re-install it
ERROR: lazy loading failed for package ‘reshape2’
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/reshape2’
ERROR: dependencies ‘minqa’, ‘RcppEigen’ are not available for package ‘lme4’
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/lme4’
ERROR: dependencies ‘reshape2’, ‘scales’ are not available for package ‘ggplot2’
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/ggplot2’
ERROR: dependency ‘lme4’ is not available for package ‘BradleyTerry2’
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/BradleyTerry2’
ERROR: dependencies ‘ggplot2’, ‘reshape2’, ‘BradleyTerry2’ are not available for package ‘caret’
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/caret’

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpcLo8Rw/downloaded_packages’
Warning messages:
1: In install.packages("caret", repos = "http://cran.rstudio.com/") :
  installation of package ‘minqa’ had non-zero exit status
2: In install.packages("caret", repos = "http://cran.rstudio.com/") :
  installation of package ‘RcppEigen’ had non-zero exit status
3: In install.packages("caret", repos = "http://cran.rstudio.com/") :
  installation of package ‘scales’ had non-zero exit status
4: In install.packages("caret", repos = "http://cran.rstudio.com/") :
  installation of package ‘reshape2’ had non-zero exit status
5: In install.packages("caret", repos = "http://cran.rstudio.com/") :
  installation of package ‘lme4’ had non-zero exit status
6: In install.packages("caret", repos = "http://cran.rstudio.com/") :
  installation of package ‘ggplot2’ had non-zero exit status
7: In install.packages("caret", repos = "http://cran.rstudio.com/") :
  installation of package ‘BradleyTerry2’ had non-zero exit status
8: In install.packages("caret", repos = "http://cran.rstudio.com/") :
  installation of package ‘caret’ had non-zero exit status
_
rr-caret
9
user123

キャレットドキュメントが示唆するようにinstall.packages("caret", dependencies = c("Depends", "Suggests"))を実行して、必要なすべてのパッケージがインストールされていることを確認し、すべての依存関係を解決します

9
Guillermo Santamaría

キャレットパッケージをインストールすると、同様の問題が発生します。私が見つけた問題は、パッケージの依存関係の更新が原因でした。一部のパッケージを更新すると、後で他のパッケージで使用するための適切なバージョンがない可能性がある依存関係も変更されます。私がキャレットをインストールするときのように、それは示されました：

Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]) : there is no package called minqa?

私が見つけた解決策は、最初に問題の原因となっているパッケージを見つけることです。この情報は、必要なパッケージをインストールするだけで取得できます。私にとっては「ミンカ」です。したがって、このパッケージを個別にインストールしてください。

install.packages("minqa")

私の問題はこの方法で解決されました。

「minqa」、「RcppEigen」、「scales」、「lme4」、「g​​gplot2」、「reshape2」、「BradleyTerry2」を1つずつインストールする必要があります。

9
tigergopro

Rにキャレットをインストールしようとしたときに、同様の依存関係の問題に直面しました。

> install.packages("caret", contriburl = "file:///usr/repo_AO/CRAN/")
ERROR: dependency ‘car’ is not available for package ‘caret’

> install.packages("car", contriburl = "file:///usr/repo_AO/CRAN/")
Installing package into ‘/usr/share/R/library-users’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning message:
package ‘car’ is not available (for R version 3.1.2) 

'car' package is for >= R 3.2
> R.version                
version.string R version 3.1.2 (2014-10-31)

O.S.からインストールすると、「キャレット」は依存関係を要求しなくなりました。 R-car-2.0_21-1.8.x86_64.rpmパッケージの古い「car」バージョン：

$ Sudo yum install --nogpgcheck R-car-2.0_21-1.8.x86_64.rpm
Setting up Install Process
Examining R-car-2.0_21-1.8.x86_64.rpm: R-car-2.0_21-1.8.x86_64
Marking R-car-2.0_21-1.8.x86_64.rpm to be installed
Resolving Dependencies
--> Running transaction check
---> Package R-car.x86_64 0:2.0_21-1.8 will be installed
--> Finished Dependency Resolution
---8<---
Installed:
  R-car.x86_64 0:2.0_21-1.8                                                              
    Complete!

次に：

    > install.packages("caret", contriburl = "file:///usr/repo_AO/CRAN/")
    Installing package into ‘/usr/share/R/library-users’
    (as ‘lib’ is unspecified)
    also installing the dependency ‘ggplot2’
    * installing *source* package ‘ggplot2’ ...
    ** package ‘ggplot2’ successfully unpacked and MD5 sums checked
    ----8<----
    ** building package indices
    ** installing vignettes
    ** testing if installed package can be loaded
    * DONE (ggplot2)
    * installing *source* package ‘caret’ ...
    ** package ‘caret’ successfully unpacked and MD5 sums checked
    ** libs
    gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG  -I/usr/local/include    -fpic  -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -m64 -mtune=generic  -c caret.c -o caret.o
    gcc -m64 -std=gnu99 -shared -L/usr/lib64/R/lib -L/usr/local/lib64 -o caret.so caret.o -L/usr/lib64/R/lib -lR
    installing to /usr/share/R/library-users/caret/libs
    ----8<----
    ** testing if installed package can be loaded
    * DONE (caret)

（*）ローカルリポジトリを使用しました。インターネットに直接接続していないためですが、リポジトリの場所は関係ありません。

2
Ra_
  • Linux Mint 17.3 KDE "Rosa"（64ビット）、x86_64-pc-linux-gnu、
  • Rバージョン3.3.0（2016-05-03）をインストールした後-「おそらく教育的」。

私はいくつかのパッケージ（車、ビーガン、精神、...）で同様の問題を抱えていました。コマンドライン（ターミナル）で実行することで解決しました：

_Sudo apt-get install r-base-dev_

R

> install.packages("car")

スエルテ！

2
Pablo Hernández Almaraz

キャレットパッケージのインストールでも同様の問題がありました。

Linux Mint 17.3 Cinnamon 64ビットを使用します。

  • Rバージョン3.3.0（2016-05-03）
  • プラットフォーム：x86_64-pc-linux-gnu（64ビット）
  • 実行中：Ubuntu 14.04.4 LTS

コマンドによる最初のキャレットのインストール

install.packages('caret', repos='http://cran.rstudio.com/')

次のようにエラーメッセージを与えた...

* installing *source* package ‘minqa’ ...
** package ‘minqa’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
gfortran   -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4  -c altmov.f -o altmov.o
/bin/bash: gfortran: command not found
make: *** [altmov.o] Error 127
ERROR: compilation failed for package ‘minqa’
* removing ‘/home/myusername/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/minqa’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘minqa’ had non-zero exit status
* installing *source* package ‘RcppEigen’ ...
** package ‘RcppEigen’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs

...

/usr/bin/ld: cannot find -llapack
/usr/bin/ld: cannot find -lblas
/usr/bin/ld: cannot find -lgfortran
collect2: error: ld returned 1 exit status
make: *** [RcppEigen.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘RcppEigen’

...

それから私は走ってみました

install.packages("RcppEigen")

しかし、それは機能せず、llapackなどについて同じエラーを出しました。次に、Linuxコマンドラインで実行しました。

Sudo apt-get install liblapack-dev

（これにより、必要なライブラリがインストールされます）

そしてその後、コマンド

install.packages("RcppEigen")

非常にうまくいったので、

install.packages('caret', repos='http://cran.rstudio.com/')

したがって、このliblapack-devは私に対する答えでした。

このディスカッションのヒントをいただき、ありがとうございます。

0
vtenhunen

同様の問題がありました。使った

install.packages("caret", dependencies = c("Depends"), repos='http://cran.rstudio.com/')
そして得た
ERROR: dependency 'car' is not available for package 'caret'
Rを介して個別に車をインストールすることは機能しませんでしたが、私のディストリビューション（Fedora）のパッケージマネージャーを使用しました
dnf install R-car

その後、最初のコマンドは成功しました。

0
Sören

典型的な問題がありました。
依存パッケージのロードを開始したときにエラーが見つかりました：
was installed by an R version with different internals

これらのパッケージを再インストールすると役に立ちました

0
Kirill Panin