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Rエラー「因子にとって意味のない合計」

次のデータを含むrRna_RDP_taxonomy_phylumというファイルがあります。

364  "Firmicutes"            39.31
244  "Proteobacteria"        26.35
218  "Actinobacteria"        23.54
65   "Bacteroidetes"         7.02
22   "Fusobacteria"          2.38
6    "Thermotogae"           0.65
3     unclassified_Bacteria  0.32
2    "Spirochaetes"          0.22
1    "Tenericutes"           0.11
1     Cyanobacteria          0.11

そして、Rで円グラフを作成するためにこのコードを使用しています：

if(file.exists("rRna_RDP_taxonomy_phylum")){
    family <- read.table ("rRna_RDP_taxonomy_phylum", sep="\t")
    piedat <- rbind(family[1:7, ],
                as.data.frame(t(c(sum(family[8:nrow(family),1]),
                                "Others",
                                sum(family[8:nrow(family),3])))))
    png(file="../graph/RDP_phylum_low.png", width=600, height=550, res=75)
    pie(as.numeric(piedat$V3), labels=piedat$V3, clockwise=TRUE, col=graph_col, main="More representative Phyliums")
    legend("topright", legend=piedat$V2, cex=0.8, fill=graph_col)
    dev.off()
    png(file="../graph/RDP_phylm_high.png", width=1300, height=850, res=75)
    pie(as.numeric(piedat$V3), labels=piedat$V3, clockwise=TRUE, col=graph_col, main="More representative Phyliums")
    legend("topright", legend=piedat$V2, cex=0.8, fill=graph_col)
    dev.off()
}

私はさまざまなデータファイルにこのコードを使用してきましたが、正常に動作しますが、Adobeに提示されたファイルでは、クラッシュして次のメッセージが返されます。

Error in Summary.factor(c(6L, 2L, 1L), na.rm = FALSE) : 
  sum not meaningful for factors
Calls: rbind -> as.data.frame -> t -> Summary.factor
Execution halted

このファイルでクラッシュする理由と、この種のエラーを防ぐ方法があるかどうかを理解する必要があります。

ありがとう！

rr-factorcategorical-data
19
user2245731

エラーは、sum(x)を呼び出そうとしたときに発生し、xが要因です。

つまり、列の1つですが、実際には数字が要素のように見えます（表示されているのはテキスト表現です）

簡単な修正、数値に変換します。ただし、最初に文字に変換する中間ステップが必要です。以下を使用してください。

family[, 1] <- as.numeric(as.character( family[, 1] ))
family[, 3] <- as.numeric(as.character( family[, 3] ))

中間as.characterステップが必要です。次の質問を見てください。 情報を失うことなく係数を整数に変換する方法？

39
Ricardo Saporta