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Rノートブックを公開し、同じエラー（contrib.url（repos、 "source"）のエラー）を取得しようとすると、ミラーを設定せずにCRANを使用しようとする

他の質問で提案されたように、XQuartzでOSX Yosemiteを使用し、ノートブックを公開しようとしましたが、毎回同じエラーが発生しました。これは、.Rファイルの外観です。

#' ---
#' title: "MLB Payroll Analysis"
#' author: "Steven Quartz Universe"
#' date: "21 March 2015"
#' output: pdf_document
#' ---

#loading the payroll data from the Python document
payroll <- read.table("~/Documents/payroll.txt", header=TRUE, quote="\"")

View(payroll)

summary(payroll)

bank <- payroll$PayrollMillions
wins <- payroll$X2014Wins

#loading the payroll data from the Python document
payroll <- read.table("~/Documents/payroll.txt", header=TRUE, quote="\"")

summary(payroll)

bank <- payroll$PayrollMillions
wins <- payroll$X2014Wins

#displaying the mean and sd of payroll and wins (out of 162, of course)
mean(bank)
sd(bank)
mean(wins)
sd(wins)

#setting a linear regression
reg <- lm(wins ~ bank)
summary(reg)
#the regression is valid to significance < .10 (p-value .05072),
#but the R-squared is only .1296, a weak correlation

#a means of comparing the histogram to a normal distribution
histNorm <- function(x, densCol = "darkblue"){
  m <- mean(x)
  std <- sqrt(var(x))
  h <- max(hist(x,plot=FALSE)$density)
  d <- dnorm(x, mean=m, sd=std)
  maxY <- max(h,d)
  hist(x, prob=TRUE,
       xlab="x", ylim=c(0, maxY),
       main="(Probability) Histogram with Normal Density")
  curve(dnorm(x, mean=m, sd=std),
        col=densCol, lwd=2, add=TRUE)
}

#showing the histogram with normal distribution line
histNorm(reg$residuals, "purple")

#QQplots and Shapiro-Wilk test
qqnorm(reg$residuals)
qqline(reg$residuals)
shapiro.test(reg$residuals)
#p-value is .383; this can be considered a normal distribution

plot(reg$fitted.values,reg$residuals)
abline(h = 0)
#variances are wide, but in a channel

install.packages("lmtest")
library(lmtest)
bptest(reg)
#p-value of .849 given; we can assume variances are constant throughout the     distribution

hats <- hatvalues(reg)

hatmu <- mean(hats)
hats[hats > 2 * hatmu]
#we get teams 14 and 19 with high leverage; the Dodgers and Yankees with their     astronomical payrolls

treg <- rstudent(reg)
n <- length(treg)
p <- reg$coefficients
df <- n - p - 1
alpha <- 0.05

#no bonferroni correction for outliers
crit <- qt(1 - alpha/2,df)
treg[abs(treg) > crit]
#no outliers are found

#with bonferroni correction
crit <- qt(1 - (alpha/2)/n,df)
treg[abs(treg) > crit]
#no outliers are found

#comparison of outlier tests
pvals <- pt(-abs(treg),df)*2
padjb <- p.adjust(pvals, method = "bonferroni")
padjf <- p.adjust(pvals, method = "fdr")
cbind(pvals,padjb,padjf)

Compile Notebookを押すと、これが出力されます。

  |......................                                           |  33%
  ordinary text without R code

  |...........................................                      |  67%
label: unnamed-chunk-1


processing file: payroll.spin.Rmd

Quitting from lines 9-90 (payroll.spin.Rmd) 
Error in contrib.url(repos, "source") : 
  trying to use CRAN without setting a mirror
Calls: <Anonymous> ... withVisible -> eval -> eval -> install.packages ->     contrib.url

私はこれを修正する方法について他の質問を見ましたが、役に立ちませんでした。コマンドラインの修正を行いましたが、再び役に立ちませんでした。誰かが私が間違っていることを教えてくれますか？どうもありがとう。

rrstudio
11
user3835980

この線

install.packages("lmtest")

ここに問題があります。エラーメッセージが示唆するように

Error in contrib.url(repos, "source") : 
  trying to use CRAN without setting a mirror

パッケージのリポジトリへのリンクを提供することが期待されています。 （たとえば）に変更します：

install.packages("lmtest", repos = "http://cran.us.r-project.org")

トリックを行う必要があります。しかし、MrFlickとBen Bolkersがコメントで指摘したように、おそらくパッケージがまだインストールされていないときに行うべきです。

17
Dominic Comtois

ニットHTMLパブリッシュでも同じ問題が発生しました。ファイルの先頭部分を次のように変更しました。

_---
title: "dialectic"
author: "micah smith"
date: "3/4/2017"
output: html_document
---

```{r setup, include=FALSE}
chooseCRANmirror(graphics=FALSE, ind=1)
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
_

chooseCRANmirror(graphics=FALSE, ind=1)はそれを修正した行でした

7
Micah
chooseCRANmirror(graphics=FALSE, ind=1)
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)

既にパッケージをインストールしている場合は、チャンクの最初にこれを書いてください。

3
Puneet Rajput

すでにinstall.packages（ "___"）スクリプトを実行している場合、マークダウンファイルを編むときにそのコードチャンクをeval = FALSEに設定してみてください。

1
gbisra