web-dev-qa-db-ja.com

readRDS（file）のRパッケージエラーのインストール：接続からの読み取りエラー

Ubuntu 14.04でRにパッケージをインストールしようとすると、次のエラーが表示されます。

Error in readRDS(file) : error reading from connection

here を指定した方法をすでに試しましたが、問題を解決できませんでした。

rpackageubuntu-14.04
21
MYaseen208

1- [〜＃〜] cran [〜＃〜] からRの最新バージョンをインストールし、パッケージのインストールを試みます。

2-可能であれば、別のユーザーアカウントで確認してください。

3- Rパッケージのインストールを試みます locally 。

4-古いバージョンのRで作成されたRDSファイルがある場合、別の種類の問題がある可能性があります。これはRヘルプからの警告です。

警告

これらの関数は、R 2.4.0（シリアル化されたオブジェクトのストレージが文字ベクトルから生のベクトルに変更されたとき）以降、安定したインターフェイスを提供しています。ただし、Rの将来のバージョンではシリアル化形式が変更される可能性があるため、このオブジェクトをRオブジェクトの長期保存には使用しないでください。

32ビットプラットフォームでは、生のベクトルは2 ^ 31-1バイトに制限されますが、Rオブジェクトはこれを超えることができ、通常、シリアル化はオブジェクトよりも大きくなります。

参照：help（serialize）

6
user1436187

私も同じ問題を抱えていました。ここに記載されている指示に従いました http://www.ryantmoore.org/files/ht/htrtargz.pdf 必要な依存関係を必要に応じて個別にインストールしました。

1
Shreya

1つ以上のパッケージが誤ってインストールされている場合（たとえば、インストール中に強制的に再起動する必要があるため）、このパッケージを再インストールする必要があります。次のコードを使用してそれらを見つけることができます。

library(purrr)

.libPaths() %>%
set_names() %>%
map(function(lib) {
    .packages(all.available = TRUE, lib.loc = lib) %>%
    keep(function(pkg) {
        f <- system.file('Meta', 'package.rds', package = pkg, lib.loc = lib)
        tryCatch({readRDS(f); FALSE}, error = function(e) TRUE)
    })
})

これにより、破損したパッケージを含むネストされたリストが返されます。

$`/home/yourname/R`
[1] "brokenpkg"

$`/usr/lib64/R/library`
character(0)

$`/usr/share/R/library`
character(0)

ディレクトリを削除する必要があるかもしれません00LOCK-<pkgname>パッケージをインストールしようとしたときにRがライブラリの場所に作成したもの。

1
andybega

3.3.1（すべて64ビット）からR 3.4.0をインストールした後、Windows 10でこのエラーが発生しました。 CRANから無関係なパッケージを手動でインストールすることで解決しました（ggplot2を使用しました）。根本的な原因が何であるかはわかりませんが、おそらくこれも同様に機能します。

私のコードからの出力：

> library(pacman)
> p_load(plyr, XLConnect, ggplot2, stringr, magrittr, kirkegaard, lubridate, weights, psych, psychometric, polycor, effsize, readr)
Installing package into ‘C:/Users/Emil/Documents/R/win-library/3.4’
(as ‘lib’ is unspecified)
Error in install.packages : error reading from connection
 Error in loadNamespace(name) : there is no package called ‘BiocInstaller’

次に、Rを再起動し、同じコードを実行しました。

> library(pacman)
> p_load(plyr, XLConnect, ggplot2, stringr, magrittr, kirkegaard, lubridate, weights, psych, psychometric, polycor, effsize, readr)
Installing package into ‘C:/Users/Emil/Documents/R/win-library/3.4’
(as ‘lib’ is unspecified)
Error in readRDS(dest) : error reading from connection

つまり同じコード、異なるエラー。奇数。その後、Rを再起動してランダムパッケージをインストールし、コードを再実行して動作しました。

> install.packages("ggplot2")
Warning in install.packages :
  cannot open URL 'http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin/src/contrib/PACKAGES.rds': HTTP status was '404 Not Found'
Installing package into ‘C:/Users/Emil/Documents/R/win-library/3.4’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning in install.packages :
  cannot open URL 'http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin/bin/windows/contrib/3.4/PACKAGES.rds': HTTP status was '404 Not Found'
trying URL 'https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.4/ggplot2_2.2.1.Zip'
Content type 'application/Zip' length 2782171 bytes (2.7 MB)
downloaded 2.7 MB

package ‘ggplot2’ successfully unpacked and MD5 sums checked

The downloaded binary packages are in
    C:\Users\Emil\AppData\Local\Temp\RtmpCq4cFX\downloaded_packages
> library(pacman)
> p_load(plyr, XLConnect, ggplot2, stringr, magrittr, kirkegaard, lubridate, weights, psych, psychometric, polycor, effsize, readr)
Installing package into ‘C:/Users/Emil/Documents/R/win-library/3.4’
(as ‘lib’ is unspecified)
trying URL 'https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.4/effsize_0.7.1.Zip'
Content type 'application/Zip' length 36713 bytes (35 KB)
downloaded 35 KB

package ‘effsize’ successfully unpacked and MD5 sums checked

The downloaded binary packages are in
    C:\Users\Emil\AppData\Local\Temp\RtmpCq4cFX\downloaded_packages

effsize installed

そのため、エラーはpacmanをインストールしようとしているeffsizeと関係があるようです。

1
Deleet

私は同じ問題を抱えていました：

readRDS(file) : error reading from connection.I did follow:

file.rdsフォルダーDownloadsで、ファイルのコピーを作成して別のフォルダーに入れます。そして、私はディレクトリを選択しました：

R Session->Set working Directory->Choose directory->my new folder

このアクションの後、動作します

そして、1つの興味深いことです。関数download.file（ " http：//..../file.rds "、 "file.rds"）によってダウンロードされたファイルをコピーして、そのファイルをfolder-directoryに配置すると、問題は残った。しかし、リンク http：//....../file.rds をコピーしてアドレスバーに貼り付けたとき、ファイルはコピー元のコンピューターのフォルダーDownloadsにダウンロードされましたそれをディレクトリ-folderに移動しました。したがって、R download.fileの機能によってファイルをダウンロードせず、Downloadsからファイルをコピーして、folder-directoryに配置しました。この場合、動作します

0
Elena Anel

install.packages("mice")の実行中にエラーが発生しました

  1. User1436187で提案されたすべてを試しました。
  2. この後、update.packages（）を実行してみました。同じエラーを受け取りました。また、アクセス許可が原因でコマンドを実行できないというエラーメッセージが表示されました。
  3. Rの現在のセッションを閉じ、管理者として再起動しました。
  4. 以前にエラーが発生していたコマンドを実行しましたinstall.packages("mice")

これは私のために働いた。

0
Chetan Sharma

私はRの最新バージョンをインストールしたときに同じエラーに直面していました。何度も最新バージョンが安定していません（私にとっては、2017年8月11日の3.4.2でした）。私はそれをアンインストールし、3.4.1（以前の安定版）をインストールしましたが、現在は問題はありません。

0
Arpit Sisodia