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R-forgeからインストールされたパッケージを自動的に更新する

最近、R-2.11.1からR-2.12.0をインストールし、すべてのCRANパッケージを次の方法で更新しました。

update.packages(checkBuilt=TRUE, ask=FALSE)

R-forgeからインストールしたすべてのパッケージを更新したいのですが、CRANで使用できない場合のみです。つまり、単に実行することはできません。

update.packages(checkBuilt=TRUE, ask=FALSE, repos="http://r-forge.r-project.org")

これは、R-2.12.0に付属していたバージョンの上にsurvivalパッケージのR-forgeバージョンをインストールするためです。

おそらくold.packagespackageStatusの情報を組み合わせて使用​​して、R-forgeにのみ存在するパッケージを判別できますが、カスタムソリューションを構築する前にもっと簡単な方法があるかどうかを確認したいと思いました。

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Joshua Ulrich

これはどう:

# 1. Get the list of packages you have installed, 
#    use priority to exclude base and recommended packages.
#    that may have been distributed with R.
pkgList <- installed.packages(priority='NA')[,'Package']

# 2. Find out which packages are on CRAN and R-Forge.  Because
#    of R-Forge build capacity is currently limiting the number of
#    binaries available, it is queried for source packages only.
CRANpkgs <- available.packages(
  contriburl=contrib.url('http://cran.r-project.org'))[,'Package']
forgePkgs <- available.packages(
  contriburl=contrib.url('http://r-forge.r-project.org', type='source')
)[,'Package']

# 3. Calculate the set of packages which are installed on your machine,
#    not on CRAN but also present on R-Force.
pkgsToUp <- intersect(setdiff(pkgList, CRANpkgs), forgePkgs)

# 4. Update the packages, using oldPkgs to restrict the list considered.
update.packages(checkBuilt=TRUE, ask=FALSE,
  repos="http://r-forge.r-project.org",
  oldPkgs=pkgsToUp)

# 5. Profit?
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Sharpie