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rgdalパッケージのインストール

ここでの問題は、Rを介してマップをプロットする方法ではなく、すでにかなり良い例 here を見つけたのではなく、それを機能させる方法です。実際、ライブラリrgdalをロードできません：

library(rgdal)
Error in library(rgdal) : there is no package called ‘rgdal’

ただし、上記のパッケージを手動でインストールしようとすると、次のエラーが表示されます。

....
configure: error: proj_api.h not found in standard or given locations.
ERROR: configuration failed for package ‘rgdal’
* removing ‘/home/eualin/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/rgdal’
Warning in install.packages : installation of package ‘/home/eualin/Downloads/rgdal_0.8-5.tar.gz’ had non-zero exit status

任意の入力を歓迎します！

rmaps
105
user706838

CRANのパッケージページ を見ると、次のように表示されます。

システム要件：ソースからビルドする場合： http://trac.osgeo.org/gdal/wiki/DownloadSource からのGDAL> = 1.7.1ライブラリ、およびからのPROJ.4（proj> = 4.4.9） http://trac.osgeo.org/proj/ ; William Kyngesburyeが http://www.kyngchaos.com/ で構築したGDAL OSXフレームワークは、OSXでのソースインストールに使用できます。

Linuxのように見えるので、常にソースからパッケージをビルドするため、対応するライブラリをシステムにインストールする必要があります。 Mint、Ubuntu、または別のDebian派生物の下にいる場合は、次のことができます。

$ Sudo apt-get install libgdal1-dev libproj-dev

まだDebianベースのシステムのもとで有用なヒントの1つは、apt-fileパッケージをインストールして実行することです：

$ Sudo apt-file update

次に、次のようなエラーが表示された場合：

configure: error: proj_api.h not found in standard or given locations.

次のコマンドを使用して、不足しているファイルを取得するためにインストールする必要があるパッケージを見つけることができます。

$ apt-file search proj_api.h
libproj-dev: /usr/include/proj_api.h
125
juba

OS Xで Homebrewパッケージマネージャー を使用し、Rを homebrew-science tap でインストールした場合、最初にgdalをインストールすることでrgdalをインストールできます。

brew install gdal

Postgresqlサポートのようなfancyが必要な場合、これを実行する前に最初に利用可能なオプションをリストすることができます。利用可能なオプションを表示するには

brew options gdal

派手にするには、次のように入力します

brew install --with-postgresql gdal

projに必要なproj_api.hは依存関係です！残念なことに、rgdalは/ usr/local/includeを検索していないため、今でもpro_api.hを見つけることができません。 rgdalインストールでこの問題やその他の考えられる問題を修正するには、次のRコマンドを使用してrgdalをインストールします。

  > install.packages('rgdal', type = "source", configure.args=c('--with-proj-include=/usr/local/include','--with-proj-lib=/usr/local/lib'))

これは、醸造手順を除いて MacPorts に必要なものと同様である必要があり、ライブラリ/ヘッダーは「/ opt/local/lib」および「/ opt/local/include」。

注：「--with-armadillo」をオプションとして使用している場合は、アップグレーダーを作成します gdal、およびarmadilloを6から7にアップグレードしました。rgdalをアップグレード/再インストールする前に、gdalを再コンパイルする必要があります。

38
Jonathan Lisic

R-3.2.0を使用するFedora 21システムでは、以下が機能しました。

yum install gdal.x86_64 gdal-devel.x86_64 gdal-libs.x86_64
yum install proj.x86_64 proj-devel.x86_64
yum install proj-epsg.x86_64 proj-nad.x86_64

明らかに、これは繰り返し取得しようとした結果です。

install.packages("rgdal")

動作するように。おそらく、1回のインストールですべてを実行できます。

25
jimlemon

Ubuntustudio 14.04（すべてのDebianディストリビューションで同じ）：

Sudo apt-get install libproj-dev libgdal-dev

次に、パッケージrgdalをインストールできます

R info:
R version 3.0.2 (2013-09-25) -- "Frisbee Sailing"

Linux info:
Linux francois-K53SV 3.13.0-34-lowlatency #60-Ubuntu SMP PREEMPT Wed Aug 13 16:15:18 UTC 2014 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux
13
François Pelletier

ここで私はCentos7でやったこと：

yum install gdal gdal-devel
yum install proj-devel
yum install proj-nad
yum install proj-epsg

それから単に

install.packages("rgdal")

うまくいきましたが、それはまったく明確ではありませんでした。

12
Jacques Peeters

OSXでは、projを http://www.kyngchaos.com/software/frameworks からダウンロードし、Rで次のコマンドを実行します。

install.packages('rgdal', type = "source", configure.args=c('--with-proj-include=/Library/Frameworks/PROJ.framework/Headers', '--with-proj-lib=/Library/Frameworks/PROJ.framework/unix/lib'))
5
matiskay

Ubuntu 16.04およびR 3.5.1では、これは非常に高速に機能します。

Sudo add-apt-repository -y ppa:ubuntugis/ubuntugis-unstable
Sudo apt update
Sudo apt install gdal-bin python-gdal python3-gdal libgdal1-dev

それから;

Sudo apt-get install libudunits2-dev libgdal-dev libgeos-dev libproj-dev

最後にCRANで。

install.packages("rgdal")
4
DSA

これは私のために働いた：

install.packages('rgdal',repos="http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin")
4
RoyalTS

私（Ubuntu 16.04、R 3.4.2）では、上記のソリューションの混合物が機能しました：

Sudo apt-get install libudunits2-dev libgdal-dev libgeos-dev libproj-dev

次に、CRANからrgdalをインストールします。

2
jogall

（ソースから）projの複数のバージョンがインストールされているマルチユーザー環境の人々に対して、私が使用した方法は次のとおりでした。

install.packages('rgdal',configure.args="--with-proj-include=/sw/proj/4.9.2/include --with-proj-lib=/sw/proj/4.9.2/lib")
1
Wayne

私のシステムで働いた唯一のことは、説明されているようにソースからPROJ4をコンパイルすることでした here そして、rgdalパッケージを

 install.packages("rgdal")
1
mace

Mac（OS.X Version10.12.6）ユーザーの場合、これでうまくいきました。まず、コマンドラインに移動して、gdal >> brew install gdalを使用してインストールします。次に、Rstuduio（Rコンソール）にアクセスし、install.packages("rgdal")を使用してパッケージをインストールします。

1
ewalel

これを修正するには、install libgdal-dev:が必要です

$ Sudo apt install libgdal-dev

0
user7779697

上記の回答はどれもうまくいきませんでした（Linux Mint 17.1でR 3.5.1を実行しています）。 UbuntuリポジトリのGDALバージョンは1.11.3です。これにより、rGDALのインストールが失敗します。ここに私のために働いた解決策があります（ this ウェブサイトから）：

Sudo apt-get install libexpat1-dev

GDALをダウンロードしてインストールする

wget http://download.osgeo.org/gdal/2.1.1/gdal-2.1.1.tar.gz
tar xvf gdal-2.1.1.tar.gz
cd gdal-2.1.1
./configure
Sudo make
Sudo make install

バージョンを確認する

gdal-config --version

その後、このエラーが発生しました：

** testing if installed package can be loaded
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) :
unable to load shared object '/usr/local/lib/R/site-library/rgdal/libs/rgdal.so':
libgdal.so.20: cannot open shared object file: No such file or directory
Error: loading failed
Execution halted
ERROR: loading failed

これは、バインディングを更新することで修正されました。

Sudo ldconfig

その後、Rでinstall.packages("rgdal")を実行するとうまくいきました。

0
Thomas

Rgdalを適切にインストールできません。ここで言及されたすべての提案とすべての提案を試みました Rはパッケージのインストール後でもパッケージが見つかりません

library(rgdal)
rgdal: version: 1.4-3, (SVN revision 828)
Geospatial Data Abstraction Library extensions to R successfully loaded
Loaded GDAL runtime: GDAL 2.2.3, released 2017/11/20
Path to GDAL shared files: C:/Users/xxx/Documents/R/win-library/3.4/rgdal/gdal
GDAL binary built with GEOS: TRUE 
Loaded PROJ.4 runtime: Rel. 4.9.3, 15 August 2016, [PJ_VERSION: 493]
Path to PROJ.4 shared files: C:/Users/xxx/Documents/R/win-library/3.4/rgdal/proj
Linking to sp version: 1.3-1 
Warning message:
package ‘rgdal’ was built under R version 3.4.4

Rを3.6.1にアップグレードしました

再試行する：

batch_gdal_translate(x, desc, outsuffix = "4.img", of = "HFA", co="TILED=YES")
NULL
Warning messages:
1: In gdal_setInstallation() :
No GDAL installation found. Please install 'gdal' before continuing:
    - www.gdal.org (no HDF4 support!)
    - www.trac.osgeo.org/osgeo4w/ (with HDF4 support RECOMMENDED)
    - www.fwtools.maptools.org (with HDF4 support)

2: In gdal_setInstallation() : If you think GDAL is installed, please run:
gdal_setInstallation(ignore.full_scan=FALSE)

rstudio＆コマンドラインR 3.6.1 GUIからこれを実行しようとしました。

私がこれを試したときはいつも、インストールされているライブラリに対して肯定的な結果が得られます。

library(raster)
Loading required package: sp
library(rgdal)
rgdal: version: 1.4-4, (SVN revision 833)
Geospatial Data Abstraction Library extensions to R successfully loaded
Loaded GDAL runtime: GDAL 2.2.3, released 2017/11/20
Path to GDAL shared files: C:/Users/xxx/Documents/R/R-3.6.1/library/rgdal/gdal
GDAL binary built with GEOS: TRUE 
Loaded PROJ.4 runtime: Rel. 4.9.3, 15 August 2016, [PJ_VERSION: 493]
Path to PROJ.4 shared files: C:/Users/xxx/Documents/R/R-3.6.1/library/rgdal/proj
Linking to sp version: 1.3-1 
library(gdalUtils)
Registered S3 method overwritten by 'R.oo':
method        from       
throw.default R.methodsS3

読み込もうとしているファイルはdtedファイルですか？

x <- list.files(path = src, pattern = ".dt", full.names = TRUE)
length(x)

batch_gdal_translate(x, desc, outsuffix = "4.img", of = "HFA", co="TILED=YES")

GTIFF .tif形式でも上記を試しましたが、同じエラーが発生します。ただし、.dtf、.dt1、.dt2のみを.hdfファイルを読み取ろうとはしていません。

これは、私がRをインストールした別のマシンで動作しますが、「この」マシンでのインストールの問題点を見つけようとしています。

0
als