segfaultをキャッチ-Rで「メモリがマップされていません」エラー
クラスターでいくつかのRスクリプトの実行に問題があります。問題は突然現れました（すべてのスクリプトは問題なく機能していましたが、ある日、caught segfaultエラー）。自分のコンピューターでエラーを再現することもできないため、再現可能なコードを提供できません。クラスターでのみ発生します。 2セットのデータにも同じコードを使用しています。1つは非常に小さく問題なく実行され、もう1つはより大きなデータフレーム（約1000万行）で機能し、特定のポイントで折りたたまれます。私はCRANリポジトリからのパッケージのみを使用しています。 Rとすべてのパッケージが最新である必要があります。エラーはまったく関係のないアクションで表示されます。以下の例を参照してください。
セッション情報：
R version 3.4.3 (2017-11-30)
Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)
Running under: CentOS Linux 7 (Core)
NetCDFファイルへの変数の書き込み
# code snippet
library(ncdf4)
library(reshape2)
input <- read.csv("input_file.csv")
species <- "no2"
dimX <- ncdim_def(name="x", units = "m", vals = unique(input$x), unlim = FALSE)
dimY <- ncdim_def(name="y", units = "m", vals = unique(input$y), unlim = FALSE)
dimTime <- ncdim_def(name = "time", units = "hours", unlim = TRUE)
varOutput <- ncvar_def(name = species, units = "ug/m3",
dim = list(dimX, dimY, dimTime), missval = -9999, longname = species)
nc_file <- nc_create(filename = "outFile.nc", vars = list(varOutput), force_v4 = T)
ncvar_put(nc = nc_file, varid = species, vals = acast(input, x~y), start = c(1,1,1),
count = c(length(unique(input$x)), length(unique(input$y)), 1))
この時点で、次のエラーが発生します。
*** caught segfault ***
address 0x2b607cac2000, cause 'memory not mapped'
Traceback:
1: id(rev(ids), drop = FALSE)
2: cast(data, formula, fun.aggregate, ..., subset = subset, fill = fill, drop = drop, value.var = value.var)
3: acast(result, x ~ y)
4: ncvar_put(nc = nc_file, varid = species, vals = acast(result, x ~ y), start = c(1, 1), count = c(length(unique(result$x)), length(unique(result$y))))
An irrecoverable exception occurred. R is aborting now ...
/opt/sge/default/spool/node10/job_scripts/122270: line 3: 13959 Segmentation fault (core dumped)
並列計算を使用した複雑なコード
*** caught segfault ***
address 0x330d39b40, cause 'memory not mapped'
Traceback:
1: .Call(gstat_fit_variogram, as.integer(fit.method), as.integer(fit.sills), as.integer(fit.ranges))
2: fit.variogram(experimental_variogram, model = vgm(psill = psill, model = model, range = range, nugget = nugget, kappa = kappa), fit.ranges = c(fit_range), fit.sills = c(fit_nugget, fit_sill), debug.level = 0)
3: doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
4: tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
5: tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
6: tryCatch(expr, error = function(e) { call <- conditionCall(e) if (!is.null(call)) { if (identical(call[[1L]], quote(doTryCatch))) call <- sys.call(-4L) dcall <- deparse(call)[1L] prefix <- paste("Error in", dcall, ": ") LONG <- 75L msg <- conditionMessage(e) sm <- strsplit(msg, "\n")[[1L]] w <- 14L + nchar(dcall, type = "w") + nchar(sm[1L], type = "w") if (is.na(w)) w <- 14L + nchar(dcall, type = "b") + nchar(sm[1L], type = "b") if (w > LONG) prefix <- paste0(prefix, "\n ") } else prefix <- "Error : " msg <- paste0(prefix, conditionMessage(e), "\n") .Internal(seterrmessage(msg[1L])) if (!silent && identical(getOption("show.error.messages"), TRUE)) { cat(msg, file = outFile) .Internal(printDeferredWarnings()) } invisible(structure(msg, class = "try-error", condition = e))})
7: try(fit.variogram(experimental_variogram, model = vgm(psill = psill, model = model, range = range, nugget = nugget, kappa = kappa), fit.ranges = c(fit_range), fit.sills = c(fit_nugget, fit_sill), debug.level = 0), TRUE)
8: getModel(initial_sill - initial_nugget, m, initial_range, k, initial_nugget, fit_range, fit_sill, fit_nugget, verbose = verbose)
9: autofitVariogram(lmResids ~ 1, obsDf, model = "Mat", kappa = c(0.05, seq(0.2, 2, 0.1), 3, 5, 10, 15), fix.values = c(NA, NA, NA), start_vals = c(NA, NA, NA), verbose = F)
10: main_us(obsDf[obsDf$class == "rural" | obsDf$class == "rural-nearcity" | obsDf$class == "rural-regional" | obsDf$class == "rural-remote", ], grd_alt, grd_pop, lm_us, fitvar_us, logTransform, plots, "RuralSt", period, preds)
11: doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
12: tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
13: tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
14: tryCatch(main_us(obsDf[obsDf$class == "rural" | obsDf$class == "rural-nearcity" | obsDf$class == "rural-regional" | obsDf$class == "rural-remote", ], grd_alt, grd_pop, lm_us, fitvar_us, logTransform, plots, "RuralSt", period, preds), error = function(e) e)
15: eval(.doSnowGlobals$expr, envir = .doSnowGlobals$exportenv)
16: eval(.doSnowGlobals$expr, envir = .doSnowGlobals$exportenv)
17: doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
18: tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
19: tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
20: tryCatch(eval(.doSnowGlobals$expr, envir = .doSnowGlobals$exportenv), error = function(e) e)
21: (function (args) { lapply(names(args), function(n) assign(n, args[[n]], pos = .doSnowGlobals$exportenv)) tryCatch(eval(.doSnowGlobals$expr, envir = .doSnowGlobals$exportenv), error = function(e) e)})(quote(list(timeIndex = 255L)))
22: do.call(msg$data$fun, msg$data$args, quote = TRUE)
23: doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
24: tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
25: tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
26: tryCatch(do.call(msg$data$fun, msg$data$args, quote = TRUE), error = handler)
27: doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
28: tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
29: tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
30: tryCatch({ msg <- recvData(master) if (msg$type == "DONE") { closeNode(master) break } else if (msg$type == "EXEC") { success <- TRUE handler <- function(e) { success <<- FALSE structure(conditionMessage(e), class = c("snow-try-error", "try-error")) } t1 <- proc.time() value <- tryCatch(do.call(msg$data$fun, msg$data$args, quote = TRUE), error = handler) t2 <- proc.time() value <- list(type = "VALUE", value = value, success = success, time = t2 - t1, tag = msg$data$tag) msg <- NULL sendData(master, value) value <- NULL }}, interrupt = function(e) NULL)
31: slaveLoop(makeSOCKmaster(master, port, timeout, useXDR))
32: parallel:::.slaveRSOCK()
An irrecoverable exception occurred. R is aborting now ...
コード（またはR）ではなく、クラスターに問題がある可能性はありますか？関連性があるかどうかはわかりませんが、しばらく前から次のようなエラーメッセージが表示されています。
Message from syslogd@master1 at Mar 8 13:51:37 ...
kernel:[Hardware Error]: MC4 Error (node 1): DRAM ECC error detected on the NB.
Message from syslogd@master1 at Mar 8 13:51:37 ...
kernel:[Hardware Error]: Error Status: Corrected error, no action required.
Message from syslogd@master1 at Mar 8 13:51:37 ...
kernel:[Hardware Error]: CPU:4 (15:2:0) MC4_STATUS[-|CE|MiscV|-|AddrV|-|-|CECC]: 0x9c08400067080a13
Message from syslogd@master1 at Mar 8 13:51:37 ...
kernel:[Hardware Error]: MC4_ADDR: 0x000000048f32b490
Message from syslogd@master1 at Mar 8 13:51:37 ...
kernel:[Hardware Error]: cache level: L3/GEN, mem/io: MEM, mem-tx: RD, part-proc: RES (no timeout)
この質問 に基づいてパッケージをアンインストールして再インストールしようとしましたが、役に立ちませんでした。
これは実際には問題の説明や満足のいく回答ではありませんが、コードをさらに詳しく調べたところ、最初の例では、_reshape2_パッケージのacastを使用すると問題が発生することがわかりました。この場合は実際には必要ないことに気付いたので削除しましたが、reshapeパッケージのreshapeで置き換えることができます（ another question に示すように）： reshape(input, idvar="x", timevar="y", direction="wide")[-1]。
2番目の例については、問題の正確な原因を見つけるのは簡単ではありませんが、私の場合の回避策は、並列計算に使用されるコアの数を減らすのに役立ちました-クラスターには48あり、以前から15しか使用していませんでしたコードが48コアすべてを使用して実行された場合、この問題Rはメモリ不足になりました。コアの数を10に減らすと、突然以前と同じように機能し始めました。
問題は、現在インストールされている共有ライブラリと、Rまたはパッケージをインストールするためにビルドされたライブラリとの間の不一致です。
今日初めてこのエラーが発生しました。下記参照。解決しました、状況を説明できます。
これは、最近17.10から18.04にアップグレードされ、R-3.4.4を実行しているUbuntuシステムです。多くのCおよびC++ライブラリが置き換えられました。しかし、すべてのプログラムが置き換えられたわけではありません。すぐに、多くのプログラムでセグメンテーション違反が発生していることに気付きました。ティディーバースに触れたものはすべて失敗でした。 stringiパッケージは、コンパイルされた共有ライブラリを見つけることができませんでした。
ここでの例は、少なくとも理論的には安全であるはずのパッケージに対して「R CMDチェック」を実行するときに発生するため、少し興味深いものです。修正は「RCurl」と「url」のパッケージを削除し、それらを再構築することでした。
とにかく、症状は次のとおりです
* checking for file ‘kutils.gitex/DESCRIPTION’ ... OK
* preparing ‘kutils’:
* checking DESCRIPTION meta-information ... OK
* installing the package to build vignettes
* creating vignettes ... OK
* checking for LF line-endings in source and make files and Shell scripts
* checking for empty or unneeded directories
* looking to see if a ‘data/datalist’ file should be added
* re-saving image files
* building ‘kutils_1.40.tar.gz’
Warning: invalid uid value replaced by that for user 'nobody'
Warning: invalid gid value replaced by that for user 'nobody'
Run check: OK? (y or n)y
* using log directory ‘/home/pauljohn/GIT/CRMDA/software/kutils/package/kutils.Rcheck’
* using R version 3.4.4 (2018-03-15)
* using platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
* using session charset: UTF-8
* using option ‘--as-cran’
* checking for file ‘kutils/DESCRIPTION’ ... OK
* checking extension type ... Package
* this is package ‘kutils’ version ‘1.40’
* checking CRAN incoming feasibility ...
*** caught segfault ***
address 0x68456, cause 'memory not mapped'
Traceback:
1: curlGetHeaders(u)
2: doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
3: tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
4: tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
5: tryCatch(curlGetHeaders(u), error = identity)
6: .fetch(u)
7: .check_http_A(u)
8: FUN(X[[i]], ...)
9: lapply(urls[pos], .check_http)
10: do.call(rbind, lapply(urls[pos], .check_http))
11: check_url_db(url_db_from_package_sources(dir), remote = !localOnly)
12: doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
13: tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
14: tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
15: tryCatch(check_url_db(url_db_from_package_sources(dir), remote = !localOnly), error = identity)
16: .check_package_CRAN_incoming(pkgdir, localOnly)
17: check_CRAN_incoming(!check_incoming_remote)
18: tools:::.check_packages()
An irrecoverable exception occurred. R is aborting now ...
Segmentation fault
ワークスペースをクリーンアップすることを強くお勧めします。おそらくそれが中心的な問題です。
unlink(".RData")