SpatialPointsDataframeを作成する
10列のデータフレームdf1があります。これらの列の2つはlngとlatです。 df1からSpatialPointsDataframeを作成したい。 SpatialPointsDataframe の作成方法を読むと、2つの座標列から行列m1を作成し、その行列をデータフレーム´df1`に割り当てる必要があるように感じます。
私の座標はすでにデータフレームdf1の列であるため、これは回り道になります。さらに、マトリックスm1の座標がデータフレームdf1の正しい行に割り当てられていることをどのように確認できますか？
それが私のdf1の外観です
> df1
a b c d e lat lng
1 12 f2 23 dd 2d 15.6 80.9
2 12 g5 99 NA hh 20.9 10.9
3 13 g4 12 aa 3r3 1.2 81.8
4 .. .. .. .. .. .. ..
行の順序を使用して、座標とデータが確実に一致するようにします。また、lon/latに使用する列を指定できます。少しわかりやすくするための例をいくつか示します。
library(sp)
dat_orig <- read.table(text=" a b c d e lat lng
12 f2 23 dd 2d 15.6 80.9
12 g5 99 NA hh 20.9 10.9
13 g4 12 aa 3r3 1.2 81.8", header=TRUE, stringsAsFactors=FALSE)
dat <- dat_orig
coordinates(dat) <- ~lng+lat
dat
## coordinates a b c d e
## 1 (80.9, 15.6) 12 f2 23 dd 2d
## 2 (10.9, 20.9) 12 g5 99 <NA> hh
## 3 (81.8, 1.2) 13 g4 12 aa 3r3
dat_1 <- dat_orig
colnames(dat_1) <- c(colnames(dat_1)[1:5], "steve", "larry")
coordinates(dat_1) <- ~larry+steve
dat_1
## coordinates a b c d e
## 1 (80.9, 15.6) 12 f2 23 dd 2d
## 2 (10.9, 20.9) 12 g5 99 <NA> hh
## 3 (81.8, 1.2) 13 g4 12 aa 3r3
dat_2 <- SpatialPointsDataFrame(dat_orig[,c("lng", "lat")], dat_orig[,1:5])
dat_2
## coordinates a b c d e
## 1 (80.9, 15.6) 12 f2 23 dd 2d
## 2 (10.9, 20.9) 12 g5 99 <NA> hh
## 3 (81.8, 1.2) 13 g4 12 aa 3r3
dat_3 <- dat_orig
colnames(dat_3) <- c(colnames(dat_3)[1:5], "steve", "larry")
dat_3 <- SpatialPointsDataFrame(dat_3[,c("larry", "steve")], dat_3[,1:5])
dat_3
## coordinates a b c d e
## 1 (80.9, 15.6) 12 f2 23 dd 2d
## 2 (10.9, 20.9) 12 g5 99 <NA> hh
## 3 (81.8, 1.2) 13 g4 12 aa 3r3
そして、これがcoordinates<-は隠れてやっています：
setReplaceMethod("coordinates", signature(object = "data.frame", value = "ANY"),
function(object, value) {
coord.numbers = NULL
if (inherits(value, "formula")) {
cc = model.frame(value, object, na.action = na.fail) # retrieve coords
if (dim(cc)[2] == 2) {
nm = as.character(as.list(value)[[2]])[2:3]
coord.numbers = match(nm, names(object))
} else if (dim(cc)[2] == 3) {
nm = c(as.character(as.list((as.list(value)[[2]])[2])[[1]])[2:3],
as.character(as.list(value)[[2]])[3])
coord.numbers = match(nm, names(object))
} # else: give up.
} else if (is.character(value)) {
cc = object[, value] # retrieve coords
coord.numbers = match(value, names(object))
} else if (is.null(dim(value)) && length(value) > 1) { # coord.columns?
if (any(value != as.integer(value) || any(value < 1)))
stop("coordinate columns should be positive integers")
cc = object[, value] # retrieve coords
coord.numbers = value
} else # raw coordinates given; try transform them to matrix:
cc = coordinates(value)
if (any(is.na(cc)))
stop("coordinates are not allowed to contain missing values")
if (!is.null(coord.numbers)) {
object = object[ , -coord.numbers, drop = FALSE]
stripped = coord.numbers
# ... but as.data.frame(x) will merge them back in, so nothing gets lost.
if (ncol(object) == 0)
#stop("only coords columns present: use SpatialPoints to create a points object")
return(SpatialPoints(cc))
} else
stripped = numeric(0)
SpatialPointsDataFrame(coords = cc, data = object, coords.nrs = stripped,
match.ID = FALSE)
}
)
これは、短い呼び出しでSpatialPointsDataFrameイディオムを実行していることを示しています。
SpatialPointsDataFrameを作成するには、3つのコンポーネントが必要です。
- 座標
- data
proj4stringofcoordinates[座標参照系（CRS）とも呼ばれます]
# load spatial library and built-in dataset
library(sp) # spatial library
data(meuse) # load built in dataset
# prepare the 3 components: coordinates, data, and proj4string
coords <- meuse[ , c("x", "y")] # coordinates
data <- meuse[ , 3:14] # data
crs <- CRS("+init=epsg:28992") # proj4string of coords
# make the spatial points data frame object
spdf <- SpatialPointsDataFrame(coords = coords,
data = data,
proj4string = crs)
# check the object class
class(spdf)
[1] "SpatialPointsDataFrame"
attr(,"package")
[1] "sp"
# plot the copper column
spplot(spdf, "copper")
