現在そのユーザーとして実行されているプロセスがある場合、そのユーザーを削除することはできません。rootの場合、alwaysです。 /etc/{passwd,shadow,group}のエントリを手動で削除することもできますが、/etc/nsswitch.confの設定によっては、ルートアカウントの代替ソースが存在する可能性があるため、引き続き動作します。その後、/etc/nsswitch.confの代替ソースを削除して、これらのファイルのみが使用されるようにする場合（compatのみを保持することにより）：
passwd: compat
group: compat
shadow: compat
その後、物事は壊れ始めます：
$ Sudo -i
Sudo: unknown user: root
Sudo: unable to initialize policy plugin
起動不可能なシステムになることさえあります。ライブUSBまたはシングルユーザーモードに戻って修正する必要があります。