短い答え：16 x 16ピクセル。
長い答え：
.icoファイルには、実際には複数の色深度で複数の画像を含めることができます。1つのファイルで16x16、32x32、48x48、64x64を指定すると、OSが表示に最適なものを選択します。
もちろん、ファイルサイズを低く保つために、ファイルをあまり多く入れたくはありませんが、人々がデスクトップにリンクを保存している可能性がある場合（Webアプリケーションなど）、それはおそらく良い方法です。
Microsoftの推奨事項 を参照してください。
基本的に、16x16、32x32、48x48、および256x256（アプリケーションアイコン用）。ウィンドウのアイコンはツールバーのアイコンなので、16x16、24x24、32x32だと思います。