ジャンクションをmklinkしてコンテンツをC：\ Program FilesからD：\ Program Filesに移動するにはどうすればよいですか？
C：\ Program FilesまたはC：\ Program Files（x86）以外へのインストールを絶対に拒否するアプリケーションがいくつかあります。デフォルトのインストールフォルダのレジストリキーを変更しても満足のいくものではないようです。そのため、これらの厄介なアプリケーションを強制的に連携させるために、そこにNTFSジャンクションをスローすることを考えています。
現在Windows内で使用されているファイルがあるため、アクティブなOS内でこれを実行できない可能性があります。これを実現するための起動可能なWindows7システムツールはありますか？あるドライブから別のドライブにファイルを（パーミッションで！）コピーする機能と、Windows用のジャンクションを作成する機能が必要になるようです。
はい、アプリケーションが直接サポートしていない場合は、mklink /j "C:\Program Files\foo1" "E:\foo1"を介してリンクを作成できます。私はこれをSteamアプリケーション（ゲーム）で行いますが、非常にうまく機能します。
これを可能にするユーティリティに関しては、セーフモードを試しましたか？
このリンクでは、属性を保持するためのxcopyの使用について説明しています
また、管理者権限でコマンドプロンプトを実行してください。 mklinkにはcmd.exeが必要です（PowerShellでは直接利用できないため）
お役に立てれば！