Cygwinの公式FAQから：
Cygwinコンソールウィンドウにコピーして貼り付けるにはどうすればよいですか？
まず、標準のコンソールウィンドウの代わりにminttyを使用することを検討してください。ミンティでは、左マウスで選択するとコピーも中マウスで貼り付けられます。簡単なことではありません！
Windowsのコンソールウィンドウで、プロパティダイアログを開きます。オプションには、「クイック編集モード」という名前のトグルボタンが含まれています。オンにする必要があります。プロパティを保存します。
.inputrcファイルに次の行を追加して、挿入キーをバインドしてクリップボードから貼り付けることもできます。
"\e[2~": paste-from-clipboard
cygwinに最適なターミナルエミュレータは ' mintty 'です。
私はrxvtを使用しています。これは、cygwinに付属しているNiceターミナルエミュレーターのコマンドシェルです。デフォルトではcygwinにインストールされていないため、個別にインストールする必要があります。
Windowsコマンドプロンプトよりもはるかに優れています。ウィンドウのサイズを水平方向と垂直方向の両方に変更できます（スクロールバーの問題はありません）。テキストを選択してコピーすると、改行などが正しく選択されます（ウィンドウの愚かなブロックコピーではありません）。また、shift-insertを使用して貼り付けることができます。
試してみる。あなたはそれを好きかもしれません。
MinttyまたはConsole2が適切なオプションです。
PuTTYの代わりにputtycygを使用します。ローカルのcygwinセッションにログインでき（sshdは不要）、コピー＆ペーストは選択して右クリックするだけです。
すべてをputclipにパイプし、stdoutからgetclip経由で取得します。
これは私が使用する代替手段です。 （AHKプログラムを使用）
;Paste w/Cywgin (CTRL+SHIFT+V)
^ + v :: {：*：pste ::％clipboard％returnを送信}