XenとVirtualboxの違いは、それらの使用方法またはアプリケーションです。 Virtualboxは、デスクトップ仮想化レイヤーとして使用するためのものです。したがって、Virtualboxは、OS（Windows、Mac、Linux）がすでにインストールされていることを前提としています。つまり、VirtualboxはデスクトップのホストOSに仮想化を追加できます。
Xenはまったく逆です。デスクトップ環境のように使用しない場合でも、ホストOSと考えることができます。パフォーマンスに関しては、XenはVirtualBoxが「ベアメタル」ハイパーバイザーであるため、Xenはおそらくエッジアウトします。なぜなら、Xen用のホストOSは、デスクトップのタスクではなく仮想化タスク向けに調整されているからです。
XenのWebサイトを誤解しない限り、その製品は「ベアメタル」仮想化レイヤーですが、VirtualboxはOSの上にあります。そのため、VirtualboxはXenほどのパフォーマンスを期待できませんでした。