これは現在、Ubuntuでは不可能です。 1つのコアポインターを1つの特定の画面に集中させるように、xorgをプログラムする必要がありますが、それが可能な方法はわかりません。
ただし、バグを報告することで、xorgの機能として提案することができます。
https://help.ubuntu.com/community/ReportingBugs
Nvidiaカードを使用している可能性があります。その場合は、デスクトップのサイズを歪めるtwinviewを使用しています（偽物であるため、ATIやIntelのような2つのデスクトップではなく、2つのディスプレイに1つのデスクトップがあります）。これを設定するには、xsetwacomを使用します。
xsetwacom --list
これにより、ペンデバイスの名前がわかり、次のコマンドで使用します。
xsetwacom --set "Wacom Intuos3 4x6 stylus" TwinView horizontal
通常に戻すには、次を使用します。
xsetwacom --set "Wacom Intuos3 4x6 stylus" TwinView none
すべてのデバイスを正しく設定するには、スタイラス、イレーサー、ポインターを設定する必要があります。それがどのように機能するかを確認したら、コマンドをコピーしてホームフォルダの.xinitrcという新しい隠しファイルに貼り付けたら、通常のテキストエディタを使用してファイルを作成できます。
これで、再起動時に適切なwacom設定が得られるはずです。 （補足：xsetwacom --list paramを使用して、設定できるすべてのオプションのリストを取得できます。）