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OSXでrJavaを構成して適切なJVMを選択する方法-.jinit（）の失敗

Install.packages（ "rJava"）を呼び出してrJavaをインストールしました-問題はありません

しかし私が電話するとき：

library(rJava)
.jinit()

私は得ます：

JavaVM: requested Java version ((null)) not available. Using Java at "" instead.
JavaVM: Failed to load JVM: /bundle/Libraries/libserver.dylib
JavaVM FATAL: Failed to load the jvm library.
Error in .jinit() : JNI_GetCreatedJavaVMs returned -1

OSXを実行しています：

Darwin MBP-2 14.5.0 Darwin Kernel Version 14.5.0: Tue Sep  1 21:23:09 PDT 2015; root:xnu-2782.50.1~1/RELEASE_X86_64 x86_64

次のSun JDKがインストールされています。

$ ls /Library/Java/JavaVirtualMachines/
jdk1.7.0_79.jdk jdk1.8.0_65.jdk

Javaが私のパスにあります：

$ which Java
/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_79.jdk/Contents/Home//bin/Java

また、JavaHomeを次のように定義しています。

$ echo $Java_HOME
/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_79.jdk/Contents/Home/
javarrjava
14
user1172468

https://stackoverflow.com/a/36045290/4351357 での回答は、MacOS Sierraバージョン10.12でこの問題を解決するのに役立ちました。特に、以下のコマンド1のコードを提供します。

私が使用した3つのターミナルコマンドは次のとおりです。

  1. Sudo ln -s $(/usr/libexec/Java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib
  2. _Sudo R CMD javareconf_
  3. install.packages("rJava",type='source')
9
Jonathan Hodge

このソリューション Mac OS 10.11でR xlsxパッケージをロードできません

Sudo R CMD javareconf

install.packages("rJava",type='source')

私のために働いた

6
Tim Child

OSX 10.11.5（El Capitan）でこのテストを実行しようとしているとき http://www.r-bloggers.com/connecting-r-to-an-Oracle-database-with-rjdbc/

同じエラーが何度も発生しました。 Tim Childの提案に従って、インストールを実行しようとしました。私が気付いたのは、私のバージョンのR Studio（バージョン0.99.896）が1.6 Legacy Java）のインストールについて文句を言い続けていることでした。

レガシーをインストールしましたJava Webサイトから https://support.Apple.com/kb/DL1572?locale=en_US

次に、R Studioでより簡単なテストを実行しました。

library(rJava)

.jinit()
print(.jcall("Java/lang/System", "S", "getProperty", "Java.version"))

私の結果：

 > library(rJava)
 > .jinit()
 > print(.jcall("Java/lang/System", "S", "getProperty", "Java.version"))
[1] "1.6.0_65"

私が他のテストを実行したことを嬉しく思います（その後、この道を歩み始めたテスト）。それでも最新のJavaバージョンを設定するためにそれを取得できませんでした。

パッケージrJavaをもう一度再インストールしました

install.packages("rJava",type='source')

Java 1.6のバージョンを使用していますが、少なくともいくつかの作業を行うことができます。より良い修正が見つかることを願っています。）

1
mtbiker-s

私はこの問題に数時間苦労しました。 rJavaに関するいくつかの背景を持つ本当に良いスレッドがありました： https://groups.google.com/forum/#!topic/r-sig-mac/eFSDrjphgGs

次の手順は私のために働いた：
（1）最新のJDKにアップグレード

（2）次の環境変数を〜/ .bash_profileに設定します。
エクスポートJava_HOME = $（/ usr/libexec/Java_home）
エクスポートJava_CPPFLAGS = $（/ usr/libexec/Java_home）/ include

（3）rJavaをソースからrootとして再インストールします。
Sudo R CMD INSTALL rJava_0.9-8.tar.gz

（4）再構成Java rootとして：
Sudo R CMD javareconf

次に、rJavaの正しい構成に依存する他のライブラリを適切にインストールできます。

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BioinfoNerd