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TidyverseをUbuntu 16.04および17.04にインストールする方法

私はUbuntu 16.04（現在17.04：以下の太字のメモを参照）とR 3.4.1を実行しています。今朝は後者をインストールしたので、最新版だと思います。 Windowsで多くの幸せな時間を過ごしてきたTidyverseをインストールしたい。しかしinstall.packages("tidyverse")を実行すると、gccへの認識されないコマンドラインオプションに関するエラーが発生します。これらは、インストールがカラースペースとmunsellパッケージにヒットしたときに始まります。この投稿の最後に、マンセルの例を示します。

Ubuntu 16.04で正確にその問題が発生した人は他にいません。しかし、同様の問題を抱えている人々からの投稿は、私のgccが-fstack-protector-strongおよび-Wdate-timeオプションを認識するには古すぎるバージョンである可能性があることを示唆しています。

私が考えた可能な回避策：

1）Ubuntuを16.10または17.04に更新して、これらのいずれかに適切なgccがあることを期待します。ただし、ここではUbuntuの専門知識が不足していることに直面しています。特に、16.10に1回、次に17.04に2回アップグレードする必要があるようです。システムを16.10にアップグレードすることさえできません。 https://wiki.ubuntu.com/YakketyYak/ReleaseNotes で推奨されている手順、「Ubuntu 16.04 LTSからのアップグレード」、アップグレードが見つかりませんやってみるとまた、これらのUbuntuのいずれかが適切なgccを持つかどうかは確かではありません。

次の日を追加しました：私は https://wiki.ubuntu.com/YakketyYak/ReleaseNotes に従ってUbuntuをアップグレードしようとしましたが、 =昨日は何もせず、今日は働きました。おそらくキャッシュの問題でしょうか？だから私は今Ubuntu 17.04を持っています。ただし、Tidyverseをインストールしようとすると、同じエラーが発生します。

2）これらのコンパイラオプションを必要としない古いバージョンのTidyverseを見つけます。

3）Ubuntuのgccをアップグレードします。しかし、それが私のマシン上で古いgccを期待している他のソフトウェアを破壊するかどうかはわかりません。

4）Tidyverse専用の新しいgccをインストールし、おそらく https://askubuntu.com/questions/466651/how-do-i -use-the-latest-gcc-on-ubunt 。しかし、それは危険に思えます。

5）Ubuntuをスクラップして、Windowsですべての作業を行います。私は人々が「Micro $ oft」をあざけるのを知っていますが、少なくともWindowsでは、私はLinuxアルカナで朝を無駄にせず、私の仕事をすることができます。それはRです。これは、彼らの呪文を持つ司祭のように感じすぎます- https://people.dsv.su.se/~jpalme/s1/hoare.pdf 、「ソフトウェアデザイン：たとえ」。ただ言って...

これらのバージョンのRとUbuntuで実際にこれを行った人からの提案はありますか？

失敗したインストールは次のとおりです。

 `> install.packages（" munsell "）
パッケージを '/home/popx/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4'
(as 「lib」は指定されていません）
依存関係「colorspace」もインストールします
 
試行中のURL「https://cran.rstudio.com/src/contrib/colorspace_1.3-2 .tar.gz '
コンテンツタイプ' application/x-gzip '長さ293433バイト（286 KB）
 =================== =============================== 
ダウンロード286 KB 
 
試行URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/munsell_0.4.3.tar.gz'
コンテンツタイプ' application/x-gzip '長さ97244バイト（94 KB）
 ================================================== 
ダウンロード94 KB 
 
 *インストール* source *パッケージ 'colorspace' ... 
 **パッケージ 'colorspace'が正常に解凍され、MD5サムがチェックされました
 ** libs 
 gcc -std = gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror = format-security -Wdate-時間-D_FORTIFY_SOURCE = 2 -g -c colorspace.c -o colorspace.o 
 gcc：error：unrecognized command line option '-fstack-protector-strong' 
 gcc：error：unrecognized command line option '-Wdate-time' 
/usr/lib/R/etc/Makeconf：159：ターゲット 'colorspace.o'のレシピが失敗しました
 make：*** [colorspace.o]エラー1 
エラー：コンパイルパッケージ 'colorspace' 
 *の削除に失敗しました '/home/popx/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/colorspace'
の削除install.packagesで警告：
パッケージ 'colorspace'のインストールでゼロ以外の終了ステータスがありました。
エラー：依存関係 'colorspace'はパッケージ 'munsell'で使用できません
 *削除 '/ home/popx/R/x86_64-pc -linux-gnu-library/3.4/munsell '
 install.packages：
での警告：パッケージ' munsell 'のインストールで終了ステータスがゼロではありませんでした
 
ダウンロードしたソースパッケージは
 '/tmp/RtmpQ8FW70/downloaded_pa​​ckages'
にあります。警告メッセージ：
 Rグラフィックエンジンバージョン12は、このバージョンのRStudioではサポートされていません。 RStudioの新しいバージョンがインストールされるまで、[プロット]タブは無効になります。
rtidyverse
10
Jocelyn Ireson-Paine

Ubuntuのパッケージをインストールする必要がある場合があります。追加したTidyverseをインストールするには

Sudo apt-get install r-cran-curl r-cran-openssl r-cran-xml2

これらのパッケージをインストールした後、Tidyverseをインストールできました。

19
Peter Prevos

Ubuntu 16.04に基づいて、基本的なlokiを使用して同じ問題に遭遇しました。出力を読んで、私はこのように見える非常に有益なエラーメッセージがあることに気づきました

    ------------------------- ANTICONF ERROR ---------------------------
Configuration failed because openssl was not found. Try installing:
 * deb: libssl-dev (Debian, Ubuntu, etc)
 * rpm: openssl-devel (Fedora, CentOS, RHEL)
 * csw: libssl_dev (Solaris)
 * brew: [email protected] (Mac OSX)
If openssl is already installed, check that 'pkg-config' is in your
PATH and PKG_CONFIG_PATH contains a openssl.pc file. If pkg-config
is unavailable you can set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via:
R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...'

だから私は各プロンプトに従って、必要なdebをインストールしました

Sudo apt-get install libssl-dev libxml2-dev libcurl4-openssl-dev

新しいリポジトリを追加せずに、上記のcranパッケージのインストールをすでに試みた後、うまくいきました。

2
tcanales

Tidyverseパッケージをインストールしようとして同様の問題があったと思います。 Linuxはかなり新しく、Rは完全に新人なので、 CRAN Projectのホームページ でUbuntuのインストール手順に従いました。 Rをインストールしたとき、r-base-devパッケージのインストールを意図的にスキップしました。これは、「パッケージのメンテナ」を対象としているとのことでした。私は後者の部分を実際に読んだり、自分でパッケージをコンパイルする必要性を理解していませんでした。

とにかく、r-base-devパッケージをインストールすると、Tidyverseパッケージを問題なくインストールできました。それを動作させるための完全な手順は、以下のようなものでなければなりません。端末で次の手順を実行します（手順1〜3は必要な場合とそうでない場合がありますが、念のために追加しました）。

  1. deb https://<my.favorite.cran.mirror>/bin/linux/ubuntu artful/ファイルに/etc/apt/sources.listを追加し、お気に入りのCRANミラーの実際のURLに置き換えます。 CRANミラーのリストについては、 https://cran.r-project.org/mirrors.html を参照してください。

  2. システムにリポジトリキーを追加します。

    Sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9

    別の方法は、キーを取得することで使用できます

    gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-key E084DAB9

    そしてそれをapt-keyにフィードします

    gpg -a --export E084DAB9 | Sudo apt-key add -

  3. 完全なRシステムをインストールするには、次を使用します。

    Sudo apt-get update
Sudo apt-get install r-base

  4. 次に、私が見逃したステップが来て、それが証明されましたTidyverseパッケージ内のパッケージをコンパイルできるようにすることが重要、つまりr-base-devパッケージをインストールします。

    Sudo apt-get install r-base-dev

  5. 次に、RStudioでパッケージインストールコマンドを実行します。

    install.packages(tidyverse)

うまくいけば、これもあなたのために働くでしょう。インストール手順の詳細については、CRAN Projectsホームページのインストールガイドをお読みください。

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pehkawn